Bu operasyon sırasında [[Ümraniye]] Kapalı Cezaevi'nde Uzman Çavuş Nurettin Kurt ile [[Çanakkale]] Kapalı Cezaevi'nde Mustafa Mutlu adlı iki asker de yaşamlarını yitirmişti. İlk olarak, Nurettin Kurt’un, teslim ol çağrılarına ateşle karşılık veren mahkûmlarca vurulduğu açıklanmıştı. Ancak Kurt’a yapılan otopside ölüme yol açan yaralanmaya “yüksek kinetik enerjili bir silahın” sebep olduğu belirlendi. Ümraniye Cezaevi’nden çıkarıldığı iddia edilen beş adet tabancanın içinde “yüksek kinetik enerjili silah” olarak kabul edilen uzun namlulu silahlar yoktu. Ayrıca silahın mahkûmlarda olmayan uzun namlulu bir silah olduğu belirlendi<ref>[http://www.radikal.com.tr/haber.php?haberno=2484&tarih=15/05/2001 Otopsideki gerçek (1)] Radikal Gazetesi</ref> ve Kurt'un ölümüne yol açan silahın mahkûmlardan elde edildiği öne sürülen silahlar olmadığı belirtildi. Raporda, ölüme yol açan silahın sadece AK-47 ya da G-3 piyade tüfeği olabileceği belirtildi ve Kurt'un askerlerin silahıyla öldüğü kesinleşti.<ref>[http://www.radikal.com.tr/haber.php?haberno=62700 Jandarmaya asker kurşunu] Radikal Gazetesi</ref>
Resmi makamların operasyonla ilgili dile getirdikleri açıklamaların ve basında çıkan birçok haberin de yalan ve sahte olduğu ortaya çıkmıştı<ref>[http://www.medyakronik.com/arsiv/hayata_020701.htm 'Hayata dönüş' haberleri sahteymiş!] {{Webarşiv|url=https://web.archive.org/web/20061112175821/http://www.medyakronik.com/arsiv/hayata_020701.htm |datetarih=12 Kasım 2006 }} Medyakronik.com</ref>. Dönemin Adalet Bakanı [[Hikmet Sami Türk]]'ün "ayrıca askerin öldürdüğü tutukluların askerle çatışmaya girdiğini" demeci ve bazı ölümlerin tutuklular arasındaki çatışmadan çıktığını iddiası ortaya atmıştı. Adli Tıp uzmanlarının raporlarına göre, Bayrampaşa Cezaevi'ne yapılan operasyon hakkında söylediği "Kalaşnikofla ateş ettiler" diyen bakan Türk'ün demeçlerinin asılsız olduğunu ortaya koymuştu. Rapor'a göre, Koğuşlardan ateş edilmemiş, öldürücü dozun üzerinde gaz bombası kullanılmıştı. [[Bayrampaşa Kapalı Cezaevi]]'ndeki C-1 koğuşundaki kadın tutukluların güvenlik görevlilerinin kullandığı göz yaşartıcı, gaz ve sinir bombalarının çıkardığı yangında öldükleri belirlendi. [[Adli tıp]] uzmanlarının raporunda, yanarak ölen kadınların giysi parçaları ve ciltlerinde yanıcı olan [[solvent]] maddelerinin bulunduğunun tespit edildiği vurgulandı. Yine Adli tıp raporuna göre silahlı bir direniş olmamıştı. Kömüre dönmüş koğuşlarda yapılan aramalarda silaha da rastlanmamıştı. Bilirkişi raporunda ayrıca mahkûmların bulunduğu taraftan güvenlik görevlilerinin bulunduğu yöne doğru ateş açılmadığı, atışların dışarıdan içeriye doğru yapıldığı kaydedildi Raporda, 12 kişinin hayatını kaybettiği C-1 koğuşunda 6 kadın tutukludan 5'inin yanarak 1'inin ise gazdan zehirlenerek öldüğü yazıldı. C-1 koğuşunda hayatını kaybeden Yazgülü Güler Öztürk, Seyhan Doğan, Özlem Ercan, Şefinur Tezgel ve Gülser Tuzcu'nun cesetlerine yapılan otopsilerde elbise parçaları ile saç, doku ve cilt örneklerinde, tinerde bulunan organit solventlerden [[toluen]], [[xylene]] ve [[metanol]] saptandığı kaydedildi. Nilüfer Alcan adlı tutuklunun ise gaz zehirlenmesi sonucu öldüğü tespit edildi. Raporda, operasyonda kullanılan bombaların etkin maddesinin 20 gramının 38 dakikada insanı öldürdüğü vurgulanarak, "C-1 koğuşunda 35 gram bomba maddesi bulundu" denildi. Yine aynı koğuşunda patlayan onlarca gaz bombasının yanında patlamamış 45 adet bomba bulunmuştu. C-14 ve C-15 koğuşlarına da ateş açıldığı ve içeri, üzerinde "Kapalı yerlerde kullanmayın" ve "Bombayı insan ve yanan madde olmayan sahaya fırlat" yazılarının bulunduğu çok sayıda göz yaşartıcı bomba ile gaz bombasının atıldığı kaydedildi. Tutukluların silahla birbirlerini öldürdüğü iddiası da, tutukluların uzun mesafeden açılan ateş sonrası öldüğünü belirleyen adli tıp raporuyla çürütülüyordu<ref>[http://www.evrensel.net/01/07/03/gundem.html#4 Cezaevi katliamı belgelendi] {{Webarşiv|url=https://web.archive.org/web/20061206235712/http://www.evrensel.net/01/07/03/gundem.html#4 |datetarih=6 Aralık 2006 }} Evrensel Gazetesi</ref><ref>[http://www.radikal.com.tr/haber.php?haberno=6725&tarih=02/07/2001&oturum=19fc9efc34b7af915ddce4b318febcdf Gerçeğe dönüş] Radikal Gazetesi</ref><ref>[http://www.radikal.com.tr/haber.php?haberno=6906 Resmi yalanlar] Radikal Gazetesi</ref>. Rapor ayrıca, kimi delillerin karartıldığını ve jandarma tutanağındaki verilerindeki bazı çelişkileri de ortaya çıkartmıştı<ref>[http://www.radikal.com.tr/haber.php?haberno=12330 Otopsideki gerçek (2)] Radikal Gazetesi</ref>.
Operasyonla ilgili (sonuçlanan) tek tazminat davası, T Bayrampaşa Cezaevi'nde askerlerin öldürdüğü [[Murat Ördekçi]]'nin ailesinin İçişleri ve [[Adalet Bakanlığı]] aleyhine açtığı dava idi. İstanbul 2. İdare Mahkemesi, toplam 109 milyar lira tazminat cezasına hükmetmişti ve operasyonlarıyla ilgili ilk yargı kararı: “Yaşam hakkı ihlal edildi. Ölen hükümlünün ailesine 109 milyar ödenmeli” olmuştu<ref>[http://www.radikal.com.tr/haber.php?haberno=110910 Hayata dönüş kararı] Radikal Gazetesi</ref>, diğer cezaevlerindeki operasyonlarla ilgili de bugüne kadar sonuçlanan dava yok.{{kaynak belirt}}
