2003 yılında [[Liberal Demokrat Parti]]’ye katılan Aktuna, bu partide de genel başkan yardımcısı görevi üstlendi.
[[29 Eylül]] 2007 tarihinde [[pankreas kanseri]]nden 77 yaşında ölen Yıldırım Aktuna, 2 Ekim 2007 günü son yolculuğuna uğurlandı. Aktuna için önce 1979-1988 yılları arasında başhekimlik görevinde bulunduğu Bakırköy Ruh ve Sinir Hastalıkları Hastanesi'nde, sonra da 1989-1991 yıllarında belediye başkanlığı yaptığı Bakırköy'de tören düzenlendi. Aktuna'nın cenazesi daha sonra [[Ataköy, Bakırköy|Ataköy]] 5. Kısım Camii'nde kılınan [[namaz]]ın ardından [[Zincirlikuyu Mezarlığı]]'nda defnedildi. Bir çocuk babasıydı.<ref>{{Web kaynağı | url = http://www.kimkimdir.gen.tr/kimkimdir.php?id=3766 | başlık = Yıldırım Aktuna | yayıncı = Kim Kimdir | erişimtarihi = 27 Haziran 2017 | arşivurl = https://web.archive.org/web/20121116204425/http://www.kimkimdir.gen.tr/kimkimdir.php?id=3766 | arşivtarihi = 16 Kasım 2012 | ölüurl = no }}</ref>
