38 kişilik komitenin üye sayısı [[12 Eylül]] 1960 tarihinde, üyelerinden [[İrfan Baştuğ]]'un Ankara-İstanbul karayolunda trafik kazasında ölmesi sonrasında, 37 kişiye düştü. Orgeneral Cemal Gürsel'in onayıyla Korgeneral [[Cemal Madanoğlu]]'nun yürüttüğü bir tasfiye sonucu, demokratik yaşama geçişe karşı çıkarak ordunun yönetimde kalmasını savunan 14 üyenin; yurt dışına "görevli" olarak gönderilmesi ile üye sayısı 23'e düştü. Bu işlem için komite [[13 Kasım]] 1960 tarihinde kendini feshetti ve 14 üyesini görevden alarak yeni bir komite halinde tekrar kuruldu. Görevden alınan üyeler dünyanın değişik yerlerinde iki yıllık mecburi hizmetle görevlendirilerek [[sürgün]]e gönderildiler. 6 Haziran [[1961]] tarihinde [[Cemal Madanoğlu]]'nun [[Silahlı Kuvvetler Birliği]]'nin yönetime ağırlığını koyması üzerine istifa ederek emekliye ayrılmasıyla üye sayısı 22'ye düştü.
Komite; çıkardığı ilk kanunla birlikte [[1924 Anayasası]]'nın birçok hükmünü değiştiren geçici bir anayasal süreç başlattı. Bu süreçle beraber yeni bir anayasa düzenlenmesine dair çalışmalar da başlamış oldu.. Hazırlanan yeni [[Türkiye Cumhuriyeti Anayasası (1961)|anayasanın]] 9 Temmuz [[1961]] tarihinde kabulü ile, [[15 Ekim]][[1961]] tarihinde yapılan genel seçimlerden sonra seçilen milletvekilleri ile kurulan [[TBMM 12. dönem milletvekilleri listesi|TBMM 12. Dönemi]], [[25 Ekim]][[1961]] tarihinde toplanarak askerî rejime ve dolayısıyla Millî Birlik Komitesi'ne son verdi. Komite üyeleri, yeni [[anayasa]] gereği kurulan [[Cumhuriyet Senatosu (Türkiye)|Cumhuriyet Senatosu]]'nun kayd-ı hayat şartıyla(yaşam boyu) tabii üyeleri oldular.