SabaşSavaş başladığında Erkan-ı Harbiye-i Umumiye'de yetkilendirilmişti. Harbiye Nazırı Nazım Paşa'dan görev talep etti ve Bahr-i Sefid Boğazı Kuvay-ı Mirettebe Erkan-ı Harbiye Riyaseti'ne 25 Kasım 1912'de komutan olarak atandı. 29 Ocak 1913'te Londra Konferansı başarısız bir şekilde dağılınca Bulgar orduları taaruza yeniden başladı ve Çatalca hattını geçemeyince Edirne'yi kuşattı ve Gelibolu'ya doğru hareket etmişti; Bolayır Kolordusunu dar bir hatta sıkıştırdı. Savaş planları dahilinde Bolayır hattında ve Şarköy'de çıkarma öngörüldü. Hedefte Bulgarları iki hat arasında bırakarak yenilmelerini sağlamak ve Edirne'yi geri almak vardı. Bolayır Kolordusu Komutanı Fahri Paşa olmak üzere Kurmay Ali Fethi ve Hareket Şube Müdürü ise Mustafa Kemal idi. Aynı zamanda Şarköy'den çıkarma yapacak Onuncu Kolordu Komutanı Hurşit Paşa ve Kurmayı Enver Paşa idi. Bolayır Kolordusu ve Onuncu Kolordu subayları 7 Şubat 1913'te Kuvay-ı Müretteba Komutanlık Karargahı'nda durum değerlendirmesi yaptı. Fakat 10. Kolordu'yu çatışma alanına taşıyacak vapurların geliş saati sıkıntı oldu ama Fahri Paşa ve Ali Fethi'nin bundan haberi yoktu. Bu yüzden dolayı Balayır Kolordusu 8 Şubat'ta taaruza başladı. Şarköy'deki çıkarma gelmeyince büyük zayiat verildi. Onuncu Kolordu çıkarması beklenirken, Bulgar birliklerinin Şarköy üzerinden çıkarma yapmasıyla beraber Bolayır Kolordusu çok sayıda kayıp verdi.{{Kdş|Balkaya|2005|s=23-26}}
Enver Paşa tüm kayıplara rağmen Şarköy'den taaruz yapmak için yeniden ısrar etti. Fakat yaşanan durum sonrasında Fahri Paşa, Ali Fethi ve Mustafa Kemal buna karşı çıktı. Enver Paşa, Bolayır'a gelerek durumun aslında o kadar kötü olmadığını söyledi. Bolayır Muharebesi ve Şarköy Çıkarması, Osmanlı ordusunun yenilmesi ile sonuçlandı. İki kolordudaki komutanlar, yaşanan yenilgiyi birbirlerinin üzerine atmaya çalıştı. Yaşanan süreç, İttihatçı komutanlar arasında anlaşmazlıklar yaşandığını gün yüzüne çıkardı. Yenilgi sonucunda Ali Fethi ve Mustafa Kemal istifa etmek istedi ama istifaları kabul edilmedi. 26 Mart'ta Edirne'ye Bulgarlar girdi ve 30 Mayıs'ta Londra Antlaşması ile resmen elden çıktı.{{Kdş|Balkaya|2005|s=27-28}}
