Aktör ve [[Amerika Konfedere Devletleri|Konfederasyon]] sempatizanı olan suikastçı [[John Wilkes Booth]], diğer suikastçılar [[Lewis Powell (assassin)|Lewis Powell]] ve [[George Atzerodt]] ile birlikte sırasıyla (o zamanın Dışişleri Bakanı) [[William H. Seward]] ile Başkan Yardımcısı [[Andrew Johnson]]'ı da öldürmeyi planladı. Booth Lincoln, Seward ve Johnson'ı öldürerek kaos yaratmayı ve Federal Hükûmeti yıkmayı umdu. Booth Lincoln'ü öldürmeyi başardıysa da, plan genel olarak amacına ulaşamadı. Seward da saldırıya uğradı, ancak iyileşti. Johnson'ı vuracak olan kişi ise paniğe kapılarak [[Washington, DC|Washington]]'a kaçtı.
[[John Wilkes Booth]], aşırı güneyli taraftarı olan bir [[aktör]] ve [[Amerika Konfedere Devletleri|Konfederasyon]] adına çalışan [[Maryland]]'lı bir casusdu. Booth'un ilk planı Lincoln'ü pazarlık için Konfederasyon hapishanesine kaçırmaktı. Fakat Lincoln'ün [[11 Nisan]]'da [[Afrikalı-Amerikalı|siyahların]] haklarına yönelik yaptığı konuşma sebebiyle planı suikasta çevirdi. Booth, Lincoln ve eşinin Ford Tiyatrosu'nda bir oyun izleyeceklerini öğrendi. Sonrasında planını daha da büyüterek, Başkan Yardımcısı [[Andrew Johnson]] ve Dış İşleri Bakanı [[William H. Seward]] için de suikastçılar ayarladı. [[14 Nisan]] akşamı Lincoln ve eşi "Our American Cousin" (Amerikalı Kuzenimiz) adlı oyunu izlemek için Ford Tiyatrosu'na geldiler. Yakın koruması [[Ward Hill Lamon]] o gün Lincoln istemediği için oyuna gelmemişti. Lincoln oyunu izlemek için özel balkonda yerini aldı. Booth, balkonun arka kısmında bir delik açarak bekledi. Çünkü oyunun en komik anını bekliyordu. Böylece gürültüden dolayı [[silah]] sesi fark edilmeyecekti. Booth gülme seslerinin arasında Lincoln'ü başından vurdu ve [[Albay]] [[Henry Rathbone]]'un çabasına rağmen sahneye atlamayı başardı. Ardından "Sic semper tyrannis!" (Daima tiranlar için) diye bağırarak kaçtı.<ref>{{Kitap kaynağı
|author = Townsend, George Alfred|title = The Life, Crime and Capture of John Wilkes Booth|location = New York|publisher = [[:en:Dick and Fitzgerald|Dick and Fitzgerald]]|year = 1865}}
</ref> Suikasttan 12 gün sonra [[John Wilkes Booth]], Federal ajanlar tarafından bulundu. Sonunda da [[Virginia]]'da bir ahırda öldürüldü.
Suikastın ardından Lincoln, tiyatronun karşısında [[Almanlar|Alman]] bir [[terzi]]ye ait olan eve taşındı. [[15 Nisan]] [[1865]] sabahı Lincoln hayatını kaybetti.<ref>{{Kitap kaynağı|son = Harrison|ilk = Lowell Hayes|yazarurl = |yardımcıyazarlar = |yıl = 2000|başlık = Lincoln of Kentucky|yayımcı = University Press of Kentucky|yer = Kentucky ,ABD|id = ISBN 0-9625290-2-8}}</ref> Lincoln'ün cenazesi trenle [[Illinois]]'e götürüldü.<ref>[http://www.history.com/content/civilwar/the-hunt-for-john-wilkes-booth/president-lincoln-s-funeral-train Abraham Lincoln'ün cenaze treni.] 14 Temmuz 2009 tarihinde ulaşıldı.</ref> Lincoln, en büyük [[Amerika Birleşik Devletleri|ABD]] başkanlarından biri olarak kabul edilir. Günümüzde Lincoln'ün resmi, 5 Dolarlık banknotların ve 1 sentlik madeni paraların üzerinde yer almaktadır. Mezarı [[Springfield, Illinois|Springfield]]'da bulunan The Oak Ridge Anıtı'ndadır.<ref>[http://www.illinoishistory.gov/hs/lincoln_tomb.htm Illion Eyaleti resmi sitesi, Lincoln'ün Mezarı sayfası. İngilizce] {{Webarşiv|url=https://www.webcitation.org/62i23WFGo?url=http://www.illinoishistory.gov/hs/lincoln_tomb.htm |date=25 Ekim 2011 }} 30 Haziran 2009 tarihinde ulaşıldı.</ref> Ayrıca [[1922]] yılında yapımı tamamlanmış olan [[Lincoln Anıtı]] da [[Washington, DC|Washington]]'dadır.<ref>[http://www.nps.gov/linc/ Lincoln Anıtı resmi sitesi. İngilizce] 30 Haziran 2009 tarihinde ulaşıldı.</ref>