[[UEFA|Avrupa]]'nın birinci ve ikinci liglerinde görev alan diplomalı tek [[Türkler|Türk]] teknik direktör olma özelliğini taşıyan Çapa, [[Belçika Kraliyet Futbol Federasyonu]]'nun düzenlediği törende futbolda en yüksek diploma olan [[UEFA Prolisans Diploması]]'nı aldı. Beş dil bilen ve [[Hollanda]]'nın kondisyon okulundan diplomalı olan Çapa, 2003-2004 yıllarında [[PSV]] takımında Hollandalı teknik direktör [[Guus Hiddink]]'ten de eğitim almıştır.
[[2011-12 Süper Lig|2011-12 sezonunun]] başında, 2 Eylül 2011'de, bir sezonluk sözleşme imzalayarak ikinci kez [[Gençlerbirliği (futbol takımı)|Gençlerbirliği]]'nin başına geçti.<ref>{{Web kaynağı | url = http://www.tumspor.com/haber/20110611/Fuat-Capa-Genclerbirliginde.php | başlık = Fuat Çapa Gençlerbirliği'nde! | tarih = 11 Haziran 2011 | erişimtarihi = 18 Mayıs 2013 | yayımcı = Tümspor.com | arşivurl = httphttps://web.archive.org/web/20121109030815/http://www.tumspor.com:80/haber/20110611/Fuat-Capa-Genclerbirliginde.php | arşivtarihi = 9 Kasım 2012 | ölüurl = no }}</ref> Kazanılan bir TSYD Kupası şampiyonluğundan sonra sezonu 49 puanla 9. sırada tamamlayarak Süper Final Avrupa Ligi play-off'larına katılma hakkını kıl payı kaçıran Çapa'nın sözleşmesi [[2012-13 Süper Lig|2012-13 sezonunun]] sonuna kadar uzatıldı.<ref>{{Web kaynağı | url = http://www.sabah.com.tr/SabahSpor/Futbol/2012/05/02/fuat-capa-sozlesme-uzatti | başlık = Fuat Çapa sözleşme uzattı | tarih = 2 Mayıs 2012 | erişimtarihi = 6 Mayıs 2012 | yayımcı = Sabah.com.tr | arşivurl = httphttps://web.archive.org/web/20121109051432/http://www.sabah.com.tr:80/SabahSpor/Futbol/2012/05/02/fuat-capa-sozlesme-uzatti | arşivtarihi = 9 Kasım 2012 | ölüurl = no }}</ref> 2012-2013 sezonu bitiminde İstanbul kulüplerine karşı başarılı sonuçlar almasına karşın takımın UEFA'ya katılma hakkı elde edememesi sonrası kulüp başkanı [[İlhan Cavcav]], ücret konusunda anlaşamadığı Fuat Çapa ile sözleşme yenilemeyeceklerini açıkladı.<ref>{{Web kaynağı | url = http://www.cnnturk.com/2013/spor/futbol/05/08/genclerbirliginde.fuat.capa.donemi.bitiyor/707126.0/ | başlık = Gençlerbirliği'nde Fuat Çapa dönemi bitiyor | tarih = 8 Mayıs 2013 | erişimtarihi = 11 Mayıs 2013 | yayımcı = CNNTurk.com | arşivurl = httphttps://web.archive.org/web/20151223200417/http://www.cnnturk.com/2013/spor/futbol/05/08/genclerbirliginde.fuat.capa.donemi.bitiyor/707126.0/ | arşivtarihi = 23 Aralık 2015 | ölüurl = no }}</ref> Bu açıklamadan kısa bir süre sonra, 18 Mayıs 2013'te [[1. Lig]]'i şampiyonlukla bitirip Süper Lig'e yükselen [[Kayseri Erciyesspor]] ile 2 yıllığına anlaştı.<ref>{{Web kaynağı | url = http://www.hurriyet.com.tr/spor/futbol/23314069.asp | başlık = Kayseri Erciyesspor Fuat Çapa ile anlaştı | tarih = 8 Mayıs 2013 | erişimtarihi = 18 Mayıs 2013 | yayımcı = Hürriyet.com.tr | arşivurl = httphttps://web.archive.org/web/20150402185242/http://www.hurriyet.com.tr/spor/futbol/23314069.asp | arşivtarihi = 2 Nisan 2015 | ölüurl = no }}</ref>
Kayseri Erciyesspor'a gelir gelmez yeni bir kadro yapısı oluşturmak için tanıdığı isimlerle yoluna devam etmek isteyen Çapa, eski takımının sözleşme yenilemede anlaşamadığı [[Randall Azofeifa|Azofeifa]] ve [[Cem Can]]'ı Cavcav'ın iznini alarak kendi takımına transfer etti. Bunun yanında [[Björn Vleminckx|Vleminckx]] için de Cavcav'dan "Biz vazgeçtik, istersen alabilirsin" yanıtını aldıktan sonra futbolcunun transferini tamamlayan Çapa, [[fair play]] örneği gösterdi.<ref>{{Web kaynağı | url = http://hurarsiv.hurriyet.com.tr/goster/printnews.aspx?DocID=23534458 | başlık = NEZAKET TRANSFERİ | tarih = 19 Haziran 2013 | erişimtarihi = 1 Ağustos 2013 | yayımcı = Hürriyet.com.tr | arşivurl = httphttps://web.archive.org/web/20131224110354/http://hurarsiv.hurriyet.com.tr/goster/printnews.aspx?DocID=23534458 | arşivtarihi = 24 Aralık 2013 | ölüurl = no }}</ref> Kayseri Erciyesspor'da geçirdiği 16 hafta sonunda takımı 12 puan ile ligin 16. sırasında yer aldığı için alınan başarısız sonuçlar sebebiyle 21 Aralık 2013 tarihinde Kayseri Erciyesspor ile karşılıklı anlaşarak yollarını ayırdı.<ref>{{Web kaynağı | url = http://www.fanatik.com.tr/fuat-capa-ile-yollar-ayrildi_3_Detail_304_348265.htm | başlık = Fuat Çapa ile yollar ayrıldı | tarih = 21 Aralık 2013 | erişimtarihi = 27 Aralık 2013 | yayımcı = Fanatik.com.tr | arşivurl = httphttps://web.archive.org/web/20131227110726/http://www.fanatik.com.tr/fuat-capa-ile-yollar-ayrildi_3_Detail_304_348265.htm | arşivtarihi = 27 Aralık 2013 | ölüurl = no }}</ref>
17 Mart 2014'te Samet Aybaba ile yollarını ayıran ve küme düşme tehlikesi yaşayan [[Antalyaspor (futbol takımı)|Antalyaspor]]'la sezon sonuna kadar anlaştı.<ref>{{Web kaynağı | url = http://skorer.milliyet.com.tr/antalyaspor-da-fuat-capa-donemi-/medical-park-antalyaspor/detay/1853108/default.htm | başlık = Antalyaspor'da Fuat Çapa dönemi! | tarih = 17 Mart 2014 | erişimtarihi = 17 Mart 2014 | yayımcı = Milliyet.com.tr | arşivurl = httphttps://web.archive.org/web/20140320200327/http://skorer.milliyet.com.tr:80/antalyaspor-da-fuat-capa-donemi-/medical-park-antalyaspor/detay/1853108/default.htm | arşivtarihi = 20 Mart 2014 | ölüurl = no }}</ref> Ancak ligin 25. haftasında anlaştığı ve küme düşme hattının hemen üstünde devraldığı Antalyaspor'u ise ligde tutmayı başaramadı. Çapa'nın çalıştırdığı Antalyaspor, ligin bitmesine 3 hafta kalan küme düşmeyi garantiledi.
Antalyaspor ile sözleşme yenilemeyen, Fuat Çapa; [[İsviçre 2. Futbol Ligi]] ekibi [[FC Wil 1900]]'in teknik direktörlüğüne getirildi. Sezon başında birçok Türk oyuncuyu kadrosuna katan Çapa, çalışmak istediği iki Türk antrenöre çalışma izni çıkarılamadığı nedeniyle isyan edip İsviçre'nin Türkiye'yi [[Üçüncü Dünya Ülkesi]] olarak gördüğünü söyledi. Yasal yolları beklemek yerine, basın ile detayları paylaşmasının yanlış olduğu belirtilerek Çapa'nın görevine son verildi.<ref>{{Web kaynağı | url = http://www.milliyet.com.tr/isvicre-deki-turk-projesi---2136858-skorerhaber/ | başlık = İsviçre'deki Türk projesi dağılıyor!.. | tarih = 23 Ekim 2015 | erişimtarihi = 25 Ekim 2015 | yayımcı = Milliyet.com.tr | arşivurl = httphttps://web.archive.org/web/20151223200426/http://www.milliyet.com.tr/isvicre-deki-turk-projesi---2136858-skorerhaber/ | arşivtarihi = 23 Aralık 2015 | ölüurl = no }}</ref>
