Aile kökleri [[Trabzon]]'a dayanmaktadır. Babası Mülkiye mezunu Mutasarrıf Rahmi Bey [[Selahaddin Eyyubi]]'nin soyundan gelmektedirdir. [[Mustafa Kemal Atatürk]]'ün büyük destekçilerinden biridir. Annesi ise Lütfiye Hanım'dır. Mualla Eyüboğlu 1919 yılında Sivas'ın Aziziye kasabasında [[I. Dünya Savaşı]]'nın bittiği bir dönemde doğdu. Çocukluğu [[Türk Kurtuluş Savaşı|Kurtuluş Savaşı]] döneminin Kütahya ve Artvin illerinde geçti. Babasının Trabzon milletvekili olmasından dolayı çocukluğu ile ilkokul dönemi burada geçti. Ailenin [[İstanbul]]'a taşınmasından sonra eğitimine [[İstanbul Kız Lisesi]]'nde devam etti. Bu yıllarında [[Tolstoy]], [[Balzac]], [[Halide Edib Adıvar]], [[Reşat Nuri Güntekin]] ve [[Yahya Kemal Beyatlı]] gibi isimlere ilgi gösterdi. Üniversite eğitimini [[Devlet Güzel Sanatlar Akademisi]] (MSGSÜ)'nin mimarlık bölümünde tamamlayarak 1942 yılında mezun oldu. Ağabeyi [[Sabahattin Eyüboğlu]]'nun Fransa'dan dönmesinin ardından onu görmek için Ankara'ya gitti. Ağabeyinin kendisini [[İsmail Hakkı Tonguç]]'la tanıştırmasından sonra [[Hasanoğlan Köy Enstitüsü]]'nde Yapı Kolu başkanı olarak görevlendirildi. Sonraki süreçte yardımcıları olan iki Macar ustayla beraber Eskişehir, Aydın, Kayseri ve Erzurum gibi illerde [[Köy Enstitüleri]]'nin kurulabilmesi için arazi seçip binalar inşa etti. Doğduğu Aziziye kasabasına da giderek orada Aziziye Köy Enstitüsü'nü kurup açılışını gerçekleştirdi. 1942 ile 1947 yılları arasında toplamda 21 Köy Enstitüsü'nün kuruluşuna katıldı. [[Sıtma|Zehirli sıtma]] hastalığına yakalanınca çalışmalarına ara vermek zorunda kaldı. Sonraki yıllarında Mimar Sinan Güzel Sanatlar Üniversitesi'nde Yüksek Şehircilik ve Tasarı Geometrisi kürsülerinde asistanlık görevlerinde bulundu. Bazı Alman ve Fransız arkeologlarla [[Efes]] ve [[Yazılıkaya]] kazılarına katıldı. [[Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Yüksek Kurulu]]'nda raportör olarak görev aldı. [[Barbaros Hayreddin Paşa Türbesi]], [[Süleymaniye Külliyesi]], [[Siyavuşpaşa Kasrı|Siyavuşpaşa Köşü]], [[Rumeli Hisarı]] ve [[Topkapı Sarayı]]'nın [[Restorasyon (onarım)|restoresine]] önemli katkılar sağladı. Rumeli Hisarı'nın 1958 yılında halka açıldığı dönemde Alman tarihçi Robert Anhegger'le evlendi. Anhegger'la evlenmeden önce [[Ruhi Su]], Suphi Taşhan ve [[Yaşar Kemal]] gibi isimlerle yakın dostlukları vardı. 1969 yılında eşiyle beraber [[Amsterdam]]'a gitti ve beş yıl orada kalarak radyo ve üniversitelerde konferanslar verdi. Emirgan Yalısı'nın restoratörü olduğu dönemlerde izinsiz yurt dışına gittiği gerekçesiyle görevinden alındı. İstanbulu'a dönünce Topkapı Sarayı Harem Dairesi'nde fahri rehberlik yaptı. 1973 ve 1975 yıllarında ağabeylerini, 2001 yılında ise eşini kaybetti. 1986'da ''Topkapı Sarayı'nda Padişah Evi (Harem)'' adlı kitabını yayımladı. 1997'de [[Türkiye Radyo ve Televizyon Kurumu|TRT]] tarafından çekilen Harem'in Gizemi belgeselinde danışmanlık yapıp çekim kadrosunda yer aldı. 2003 yılında kendisiyle yapılmış bir röportajdan oluşan ''Hitit Güneşi Mualla Eyuboğlu Anhegger'' adlı bir kitap yayımladı. 2008 yılında Mimarlar Odası Mimarlığa Katkı Dalı Başarı Ödülü'nü kazandı.<ref name=":1" /> 16 Ağustos 2009'da ise [[İstanbul]] [[Beyoğlu]]'nda bulunan [[Doğan Apartmanı]]'ndaki müze evinde hayatını kaybetti.<ref>{{Web kaynağı | başlık = Residents of Doğa Apartmanı | url = http://dingo.sbs.arizona.edu/~aokal/apartment/residents.htm | yayıncı = dingo.sbs.arizona.edu | erişimtarihi = 3 Ocak 2017 | arşivurl = http://web.archive.org/web/20170105083200/http://dingo.sbs.arizona.edu/~aokal/apartment/residents.htm | arşivtarihi = 5 Ocak 2017}}</ref><ref name=":0">{{kitap kaynağı|soyadı1=Çandar|ad1=Tûbâ|başlık=Hitit Güneşi Mualla Eyuboğlu Anhegger|tarih=2003|yayıncı=Doğan|yer=İstanbul|isbn=975-293-079-4|basım=4. bs.}}</ref>
