[[20 Mart]] [[1997]]'de [[Ermenistan]] Başbakanı oldu. [[30 Mart]] [[1998]] yılında devlet başkanlığı koltuğunu devraldı. İki dönem devlet başkanlığı görevinde bulundu.
26 Temmuz 2018'de Ermenistan'ın Özel Soruşturma Hizmeti (DİE) yönetiminin son haftalarda Koçaryan'a “Ermenistan'ın anayasal düzenini devirmek” ile suçladı.<ref>{{Web kaynağı | url = https://www.azatutyun.am/a/29392588.html | başlık = Kocharian Charged Over 2008 Crackdown | website = «Ազատ Եվրոպա/Ազատություն» ռադիոկայան | dil = hy | erişimtarihi =7 Şubat 2019| arşivurl = http://web.archive.org/web/20190511223940/https://www.azatutyun.am/a/29392588.html | arşivtarihi = 11 Mayıs 2019}}</ref> DİE, bir Erivan mahkemesinden yargılama öncesi tutuklu olarak yargılanmasını istedi. 27 Temmuz 2018'de tutuklandı. 13 Ağustos 2018 tarihinde Koçaryan, bir mahkeme kararının ardından gözaltına alındı.<ref>{{Cite news|url=https://www.reuters.com/article/us-armenia-arrests-idUSKBN1KY1F0|başlık=Armenia's ex-president Kocharyan freed from custody: lawyer|tarih=13 Ağustos 2018|eser=Reuters|erişimtarihi=7 Şubat 2019|dil =en İngilizce}}</ref> 7 Aralık 2018 tarihinde Koçaryan, Temyiz Mahkemesi'nin verdiği bir kararın ardından tekrar tutuklandı.<ref>{{Cite news|url=https://ca.reuters.com/article/topNews/idCAKBN1O623U-OCATP|başlık=Armenian ex-president Kocharyan detained after court ruling - lawyer|tarih=7 Aralık 2018|eser=Reuters|erişimtarihi=7 Şubat 2019|dil =en İngilizce}}</ref> Ermenistan Ceza Temyiz Mahkemesi 7 Şubat 2019'da onu gözaltından almayı reddetti.<ref>{{Web kaynağı | url = https://news.am/eng/news/495035.html | başlık = Armenia 2nd President’s attorney: Robert Kocharyan is political prisoner | website = news.am | dil = İngilizce | erişimtarihi =7 Şubat 2019| arşivurl = http://web.archive.org/web/20190824154516/https://news.am/eng/news/495035.html | arşivtarihi = 24 Ağustos 2019}}</ref> Koçaryan'ın davası 13 Mayıs 2019'da başladı.<ref>[https://www.rferl.org/a/armenian-ex-president-kocharian-goes-on-trial-in-yerevan/29937537.html]</ref> 18 Mayıs 2019'da Koçaryan, yargılama öncesi tutukluluktan kefaletle serbest bırakıldı.<ref name=bail>{{Web kaynağı | url = https://www.voanews.com/a/former-armenian-leader-freed-from-pretrial-detention/4923394.html | başlık = Former Armenian Leader Freed From Pretrial Detention | website = [[Voice of America]] | tarih = 18 Mayıs 2019 | erişimtarihi = 19 Mayıs 2019 | arşivurl = http://web.archive.org/web/20190519035804/https://www.voanews.com/a/former-armenian-leader-freed-from-pretrial-detention/4923394.html | arşivtarihi = 19 Mayıs 2019}}</ref> 25 Haziran 2019'da üçüncü kez tutuklandı.<ref name=arrest_3>{{Web kaynağı | url = https://www.reuters.com/article/us-armenia-kocharyan/armenian-court-orders-arrest-of-ex-president-kocharyan-ria-idUSKCN1TQ1IK | başlık = Armenian court orders arrest of ex-president Kocharyan: RIA | website = [[Reuters]] | tarih = 25 Haziran 2019 | erişimtarihi = 26 Haziran 2019 | arşivurl = http://web.archive.org/web/20190626072324/https://www.reuters.com/article/us-armenia-kocharyan/armenian-court-orders-arrest-of-ex-president-kocharyan-ria-idUSKCN1TQ1IK | arşivtarihi = 26 Haziran 2019}}</ref>
