Müzede birisi ulusal diğeri uluslararası olmak üzere iki ayrı koleksiyon bulunmaktadır. Uluslararası koleksiyonda dünyanın çeşitli bölgelerinden eserler sergilenirken, özellikle 1950, 1960 ve 1970li yılların sanatsal akımlarını yansıtan sanat eserleri bu koleksiyon içerisinden kendisine yer bulmaktadır. Müzede eserleri sergilenen sanatçılar arasında [[Emil Filla]], [[Fernand Léger]] ve [[André Masson]], [[Pablo Picasso]], [[Hans Hartung]], [[Victor Vasarely]], [[Alexander Calder]], [[Pierre Soulages]], [[Alberto Burri]], [[Christo ve Jeanne-Claude|Christo]], [[Robert Jacobsen]], [[Etienne Hajdu]], [[Zoltan Kemeny]], [[Robert Adams]], [[Emilio Vedova]], [[Antoni Clavé]], ve [[Georg Baselitz]] gibi isimler sayılabilir. <ref name="collection">{{Web kaynağı | url = http://www.msuskopje.org.mk/msu.php?mode=nav&mid=9&id=9 | title = The Collection | yayıncı = Museum of Contemporary Art - Skopje, Macedonia | erişimtarihi = 13 August 2016 | arşivurl = http://web.archive.org/web/20160821113129/http://www.msuskopje.org.mk/msu.php?mode=nav&mid=9&id=9 | arşivtarihi = 21 Ağustos 2016}}</ref>{{commons|Category:Contemporary Art Museum of Macedonia}}
