Gelecekteki karısı olacak olan [[Jennie Garth]] ile 1995 yılında ''[[An Unfinished Affair]]'' adlı filmin yapım öncesi çalışmalarında tanıştı ve evlendi.<ref name ="abc2001">{{Web kaynağı | url = http://abcnews.go.com/Entertainment/story?id=110037&page=1 | titlebaşlık = 'Jennie Garth Has Red-and-White Wedding' | publisheryayıncı = [[ABC News]] | datetarih = 2001-02-01 | accessdateerişimtarihi = 2010-05-16 | arşivurl = http://web.archive.org/web/20160303184224/http://abcnews.go.com/Entertainment/story?id=110037&page=1 | arşivtarihi = 3 Mart 2016}}</ref> Evlilik tarihleri 20 Ocak 2001'dir. Facinelli ve Jennie'nin şimdi 3 kızları bulunmakta; Luca Bella (d. 1997), Lola Ray (d. 2002) ve Fiona Eve (d. 2006).<ref name=pe /> Mart 2012'de Facinelli Garth'a boşanma davası açtı,<ref>{{Web kaynağı | url = http://www.people.com/people/article/0,,20582221,00.html | titlebaşlık = Peter Facinelli Files for Divorce from Jennie Garth | publisheryayıncı = ''[[People (magazine)|People]]'' | datetarih = 2012-03-28 | accessdateerişimtarihi = 2012-03-28 | arşivurl = http://web.archive.org/web/20141119014916/http://www.people.com:80/people/article/0,,20582221,00.html | arşivtarihi = 19 Kasım 2014}}</ref> Haziran 2013'te kesin karar alınarak boşandılar.<ref>{{Web kaynağı | url = http://www.tmz.com/2013/06/12/jennie-garth-peter-facinelli-divorce-final/ | titlebaşlık = Jennie Garth & Peter Facinelli: Divorce Final - Nicest Divorce Ever | publisheryayıncı = ''[[TMZ]]'' | datetarih = 2013-06-12 | accessdateerişimtarihi = 2013-06-12 | arşivurl = http://web.archive.org/web/20151031052542/http://www.tmz.com:80/2013/06/12/jennie-garth-peter-facinelli-divorce-final | arşivtarihi = 31 Ekim 2015}}</ref>
2012 yılında ''Loosies'' filminde başrolü paylaştığı Jaimie Alexander ile birlikte ilişki yaşamaya başladı.<ref>{{Web kaynağı | author1 = Michelle Ward | titlebaşlık = Peter Facinelli Finds Love with Costar Jaimie Alexander | url = http://www.people.com/people/article/0,,20652384,00.html | workeser = [[People (magazine)|People]] | accessdateerişimtarihi = 23 Eylül 2014 | datetarih = 30 Kasım 2012 | arşivurl = http://web.archive.org/web/20150907232350/http://www.people.com/people/article/0,,20652384,00.html | arşivtarihi = 7 Eylül 2015}}</ref><ref>{{Web kaynağı | author1 = Cynthia Littleton | titlebaşlık = Inside the Emmy Parties: MPTF's Evening Before, Showtime, NBC, ICM Partners Cap Emmy Eve | url = http://www.chicagotribune.com/entertainment/sns-rt-variety-entertainmemt1vrt1201289532-20140825-story.html#page=1 | publisheryayıncı = Chicago Tribune | accessdateerişimtarihi = 23 Eylül 2014 | datetarih = 25 Ağustos 2014 | quote = Jaimie Alexander has reunited with her "Kyle XY" producer Julie Plec, and the two are animatedly chatting along with Alexander's beau Peter Facinelli | arşivurl = http://web.archive.org/web/20141026133320/http://www.chicagotribune.com/entertainment/sns-rt-variety-entertainmemt1vrt1201289532-20140825-story.html | arşivtarihi = 26 Ekim 2014}}</ref> Çift 2015'in Mart ayında nişanlandı.<ref>{{Web kaynağı | titlebaşlık = Peter Facinelli Is Engaged to Jaimie Alexander | url = http://www.people.com/article/peter-facinelli-jaimie-alexander-engaged | workeser = People | accessdateerişimtarihi = 18 Mart 2015 | datetarih = 18 Mart 2015 | first = Jacqueline | last = Andriakos | arşivurl = http://web.archive.org/web/20151113190720/http://www.people.com:80/article/peter-facinelli-jaimie-alexander-engaged | arşivtarihi = 13 Kasım 2015}}</ref> Şubat 2016'da ayrıldıkları rapor edildi.<ref>{{Web kaynağı | last1 = Chiu | first1 = Melody | titlebaşlık = Jaimie Alexander and Peter Facinelli End Their Engagement | url = http://www.people.com/article/jaimie-alexander-peter-facinelli-break-off-engagement?xid=socialflow_facebook_peoplemag | website = People | accessdateerişimtarihi = 20 Şubat 2016 | arşivurl = http://web.archive.org/web/20160309174549/http://www.people.com/article/jaimie-alexander-peter-facinelli-break-off-engagement?xid=socialflow_facebook_peoplemag | arşivtarihi = 9 Mart 2016}}</ref>
