Beni Sadr 22 Mart 1933'te [[Hemedan]]'da doğdu. Babası ayetullahtı ve [[Ruhullah Humeyni]]'ye yakındı.<ref>{{citeDergi journalkaynağı|last=Sreberny-Mohammadi|first=Annabelle|author2=Ali Mohammadi|title=Post-Revolutionary Iranian Exiles: A Study in Impotence|journal=Third World Quarterly|date=January 1987|volume=9|issue=1|pages=108–129|jstor=3991849|doi=10.1080/01436598708419964}}</ref> [[Paris Üniversitesi]]'nde finans ve ekonomi okudu. Beni Sadr, 1960'ların başında Şah'a karşı olan öğrenci hareketlerine katılmış ve iki kez hapse atılmış ve 1963'te bir ayaklanma sırasında yaralanmıştır ve sonra Fransa'ya kaçmıştır. Daha sonra Humeyni liderliğindeki İran direniş grubuna katılarak danışmanlarından biri haline geldi. Devrimin başarıya ulaşmasının ardından Beni Sadr Humeyni ile birlikte İran'a döndü. İslami finans üzerine "Tevhidin İktisadı" adında bir kitap yazdı.
