[[Dosya:GCMS_open.jpg|sol|küçükresim|Bir MS (solda) ile kombine edilmiş bir gaz kromatografisi (sağda)]]
{{main|gaz kromatografisi-kütle spektrometrisi}}
{{main|gaz kromatografisi-kütle spektrometrisi}}Yukarıda bahis geçen yaygın kombinasyonlardan biri [[gaz kromotagrafisi]]-kütle spektrometrisi(GC/MS ve GC-MS). Bu teknikte [[gaz]] kromatografisi farklı bileşikleri ayırmak amacı ile kullanılır. Ayrılmış bileşiklerin buharı iyon kaynağına(voltaj uygulanan bir metal filament) yönlendirilir. Bu filament bileşiklerin iyonlaşmasını sağlayan elektronları yayar. İyonlar yine iyonlaşarak parçalar oluşturabilir ve tahmin edilebilir modeller oluştururlar. Bütün haldeki iyon ve parçalar önce MS' in analizörüne ve en sonunda teşhis edilirler.<ref>Eiceman, G.A. (2000). Gas Chromatography. In R.A. Meyers (Ed.), ''Encyclopedia of Analytical Chemistry: Applications, Theory, and Instrumentation'', pp. 10627. Chichester: Wiley. {{ISBN|0-471-97670-9}}</ref>
