Bu sezon ligdeki ilk golünü deplasmanda 5-2 kaybedilen [[FC Barcelona]] maçında attı. Agüero [[UEFA Şampiyonlar Ligi]]'nde [[Chelsea FC]] ile [[Vicente CalderonCalderón Stadyumu]]'danda oynadıkları ve 2-2 berabere kaldıkları maçta 2 gol birden attı. Agüero ligdeki [[Vicente CalderonCalderón Stadyumu]] stadında'nda [[Espanyol]]'a karşı 4-0 kazandıkları maçta 2 gol attı ve mükemmel bir maç çıkardı. Şampiyonlar Ligin'den grupta 3. olarak elenen [[Madrid]] ekibi yoluna [[UEFA Avrupa Ligi]]'nde devam etti ve finale kadar yükseldiler. Kariyerinin en iyi sezonunu yaşayan Agüero aynı sezon takımıyla [[UEFA Avrupa Ligi]]'ni kazandı. Agüero finalde [[Fulham FC]]'ye karşı oynarken 116. dakikada [[Diego Forlan]]'a yaptığı asistle takımının maçı 2-1 ve UEFA kupasını kazanmasında büyük rol oynadı. Aynı sezon hem [[UEFA Şampiyonlar Ligi]] hem de [[UEFA Avrupa Ligi]]'nde 8'er maça toplamda 16 maça çıktı 6 gol atmayı başardı. Ligde de 31 maçta 12 gol attı.
