Gen Ontolojisi: Revizyonlar arasındaki fark

Kanıt kodu, hem manüel hem otomatik notlama yöntemlerini kapsayan bir denetli söz dağarcığı olan [http://www.obofoundry.org/cgi-bin/detail.cgi?id=evidence_code Kanıt Kodu Ontolojisinden] gelir. Örneğin, ''İzlenebilen Yazar Beyanı'' (Traceable Author Statement - TAS) bir küratörün yayınlanmış bir bilimsel makaleyi okumuş olduğu ve bu notlamadaki üstverinin bu makaleden bir alıntı taşıdığı anlamına gelir; ''Dizi Benzerliğinden Çıkarım'' (Inferred from Sequence Similarity - ISS) bir küratörün bir dizi benzerliği aramasına ait çıktıyı değerlendirmiş ve biyolojik anlam taşıdığını geçerlemiş olduğu anlamına gelir. Otomatik süreçlerden (örn. başka bir notlama söz dağarcığı kullanarak yaratılmış notlamaların yeniden eşleştirilmesi) gelen notlamalara ''Elektronik Notlamadan Çıkarım'' (Inferred from Electronic Annotation - IEA) kodu verilir. 1 Nisan 2010 itibariyleitibarıyla bütün GO notlamalarının %98'den fazlası hesaplamalı olarak çıkarsanmıştı, küratörler tarafından değil.<ref name="urThe what, where, how and why of gene ontology—a primer for bioinformaticians — Brief Bioinform">{{Web kaynağı | doi = 10.1093/bib/bbr002 | title = The what, where, how and why of gene ontology—a primer for bioinformaticians — Brief Bioinform | work = | accessdate = 2011-06-07 | arşivengelli = evet}}</ref> Bu notlamalar bir insanın muayenesinden geçmemiş olduğundan, GO Konsorsiyumu bunları daha az güvenilir görmektedir ve AmiGO'da çevrimiçi olarak sunulan verilere bunların yalnızca bir altkümesini dahil etmektedir. Tam notlama veri kümeleri [http://www.geneontology.org/ GO websitesinden] indirilebilir. Notlamanın gelişimini desteklemek için, GO Konsorsiyumu yeni geliştirici gruplara çalışma kampları ve mentorlar sağlamaktadır.

Gen ontolojisi başlangıçta üç [[model organizma]]nın (''[[Drosophila melanogaster]]'' (meyve sineği), ''[[Mus musculus]]'' (fare), ve ''[[Saccharomyces cerevisiae]]'' (bira ya da ekmek mayası)) [[genom]]unu çalışan araştırmacıların bir konsorsiyumu tarafından 1998'de inşa edildi.<ref name="pmid10802651">{{Dergi kaynağı | author = Ashburner M, Ball CA, Blake JA, Botstein D, Butler H, Cherry JM, Davis AP, Dolinski K, Dwight SS, Eppig JT, Harris MA, Hill DP, Issel-Tarver L, Kasarskis A, Lewis S, Matese JC, Richardson JE, Ringwald M, Rubin GM, Sherlock G | title = Gene ontology: tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium | journal = Nat. Genet. | volume = 25 | issue = 1 | pages = 25–9 |date=May 2000 | pmid = 10802651 | pmc = 3037419 | doi = 10.1038/75556 }}</ref> Birçok diğer model organizma veritabanları Gen Ontolojisi konsorsiyumuna katılarak, hem notlama verisine katkı yaptılar, hem de verilerin görüntülenmesi ve uygulanması için ontoloji ve araçların geliştirilmesine katkı yaptılar. Şimdiye dek, bitki, hayvan ve mikroorganizmalara ait başlıca veritabanlarının çoğu projeye yönelik katkıda bulundular. Ocak 2008 itibariyleitibarıyla GO, geniş bir çeşitlilikteki biyolojik organizmalara uygulanabilen 24,500'den fazla terim içermektedir. GO'nun gelişimi ve kullanımı üzerine belirgin bir literatür vücut bulmuştur, ve [[biyoenformatik]] cephaneliğinde standart bir araç olmuştur. Hedeflerinin üç boyutu vardır: gen ontolojisi oluşturulması, genlere/gen ürünlerine ontoloji ataması yapılması ve bu iki hedefe dönük yazılım ve veritabanları geliştirilmesi.