Kara Yusuf'ta hükümdarlığında [[Celayiriler|Celayirli]] hükümdarlarının hakimiyetini tanıyarak topraklarını yönetmiştir. Uzun süre Celayiri hakimiyetini kabul etmiş, hatta oğlu Pir Budak, Celayiri hükümdarı [[Ahmed Celâyir]] tarafından evlatlığa kabul edilmiştiretmiştir. Azerbaycan ve çevresinde hüküm süren Kara Yusuf, [[Akkoyunlular]] ile mücadeleye başladı. Erzincan emîri Mutahharten Akkoyunlular üzerine yaptığı seferde yenilerek [[Suşehri]]nde tutsak alındı<ref name= "karayusuf3">Toksoy, A., "Akkoyunlular ve Erzincan (Uzun Hasan Devrine Kadar)", Türklük Bilimi Araştırmaları. URL:http://www.tubar.com.tr/TUBAR%20DOSYA/toksoy%20ahmet%20241-262.pdf. Erişim: 2017-03-22</ref>. Serbest kaldıktan sonra yeniden kuvvetlerini toparlayan Kara Yusuf, Celeyiriler'in iç çekişmelerini değerlendirerek [[Tebriz]]'e hakim oldu. Bu sırada [[Timur]] 1393'de Bağdat'ı ele geçirmiş, ertesi yılda Doğu Anadolu içlerine doğru harekete geçmiştir. Timur karşısında tutunamayan Kara Yusuf, sarp bölgelere çekilerek topraklarını Timur'a bıraktı. Ancak Timur'ın çekilmesinde sonra Erzurum, Erciş'in de olduğu çoğu yerleşimi tekrar geri aldı.
[[Timur]]'un Azerbaycan, Anadolu, Irak ve Suriye üzerine yeniden harekatı sırasında [[Celayiriler|Celayiri]] hükümdarının yanında yer almış ancak Timur karşısında yenilgiye uğramıştır. 1400 yılında [[Ahmed Celâyir]] ile birlikte Memlûklüler'e sığınmak istese de sultanın kabul etmemesi üzerine [[Osmanlı Devleti|Osmanlı]] sultanı I. Bayezıd'a sığınmıştır. Yıldırım Bayezıd tarafından iyi karşılanan Kara Yusuf, Timur tarafından teslim edilmesi istese de Osmanlı sultanı bunu kabul etmemiş ve bu olay 1402 yılında gerçekleşen [[Ankara Muharebesi]]nin sebeplerinden birisi olmuştur.
[[Yıldırım Bayezid]]'in 1402'de [[Ankara Savaşı]]'nda Timur'a yenilmesinin ardından Irak'ta Hille kentine geçerek [[Irak-ı Arab]] bölgesine hakim oldu. 1403'te müttefiki Ahmed Celayir'e ait Bağdat'aı ele geçtiysegeçirse de, Temmuz-Ağustos ayı gibi Timurlu ordusuna yenilmiş ve Suriye'ye kaçarak [[Memlûkler|Memlûk]] idaresindeki [[Şam]]'a sığındısığınmak zorunda kaldı<ref name= "karayusuf6">Aka, İ., "Şahruh'un Karakoyunlular Üzerine Seferleri", Tarih İncelemeleri Dergisi, 4.1 (1989). URL:http://egeweb2.ege.edu.tr/tid/dosyalar/IV_1989/TIDIV-1989-01.pdf. Erişim: 2017-03-22</ref>. Ancak [[Timur]]'un talebi üzerine [[Memlûkler|Memlûk]] sultanının emriyle burada hapsedildi. Tutukluluk döneminde Ahmed Celayir ile yeniden anlaşmış, hatta bu dönemde doğan oğlu Pir Budak, Celayiri hükümdarı [[Ahmed Celâyir]] tarafından evlatlığa kabul edilmiştir. 1405 yılındayılı TimurOcak ölünceayında MemlûklerMemluk sultanına isyan eden Şam valisi tarafından salıverilenAhmed KaraCelayir Yusufile beşbirlikte yılserbest aradanbırakıldıktan sonra devletinineski başınatopraklarına yeniden hakim olmaya başladı. 1406'da Timur'un oğlu Ebu Bekir Mirza'yı, 1408'de de [[Serdrud]]'da [[Timur]]'un oğlu [[Miranşah]]'ı yendi ve Azerbaycan bölgesini ele geçirdi. Aynı yıl ilerleyişini sürdürerek [[Sultaniye]] ve [[Kazvin]]'i topraklarına kattı. 1409'da [[Mardin]]'i ele geçirerek Mardin [[Artuklu Beyliği|Artukluları]]na son verdi. 1410'da [[Erzincan]] Kara Yusuf'un eline geçti. Kasım 1411'de Şirvan Şah ile [[Gürcistan Krallığı]]'nın müttefik ordusunu imha etti. 30 Ağustos 1410'daki meydan muharebesinde ise [[Celayiriler]]'in ordusunu dağıttı. Savaşta Celayiri Sultanı [[Ahmed Celâyir]]'in de ölmesiyle Celayiriler devleti de yıkıldı. Tüm Arap Irak'ı toprakları Karakoyunlulara katıldı. Ayrıca bölgedeki son Moğol devleti de yıkıldı ve tam anlamıyla Türkmen egemenliği devri başladı.
21 Nisan 1408'de [[Timur]] ordusunu yenilgiye uğratarak [[Sultaniye]], [[Kazvin]] ve [[Mardin]]'i fethetti. 1410'da [[Erzincan]] Kara Yusuf'un eline geçti. Kasım 1411'de Şirvan Şah ile [[Gürcistan Krallığı]]'nın müttefik ordusunu imha etti. 30 Ağustos 1410'daki meydan muharebesinde ise [[Celayiriler]]'in ordusunu dağıttı. Savaşta Celayiri Sultanı [[Ahmed Celâyir]]'in de ölmesiyle Celayiriler devleti de yıkıldı. Tüm Arap Irak'ı toprakları Karakoyunlulara katıldı. Ayrıca bölgedeki son Moğol devleti de yıkıldı ve tam anlamıyla Türkmen egemenliği devri başladı.
