Transkripsiyon faktörü: Revizyonlar arasındaki fark

 

* '''Bazal transkripsiyon düzenlemesi''' [[Ökaryot]]larda transkripsiyonun gerçekleşmesi için "genel transkripsiyon faktörü" diye adlandırılan önemli bir transkripsiyon faktörü sınıfının üyeleri gereklidir. Bu faktörlerin çoğu doğrudan DNA'ya bağlı değildir, ama [[RNA polimeraz]] ile doğrudan etkileşirler. Bunların en önemlileri [[TFIIA]], [[TFIIB]], [[TFIID]] (ayrıca bakınız [[TATA bağlanma proteini]]), [[TFIIE]], [[TFIIF]] ve [[TFIIH]]'dir.

* '''Hücreler arası sinyallere tepki''' Hücreler, sinyal molekülleri salgılayarak birbirleriyle haberleşirler, bu moleküller alıcı hücrelerde sinyal silsileleri ([[İngilizce|ing.]] ''cascade'') başlatır. Eğer sinyal, alıcı hücredeki genlerin ifadesinin değişmesini gerektiriyorsa sinyal silsilesinin akışaşağısında (ing. ''downstream'') genelde bir transkripsiyon faktörü bulunur. Basit bir örnek olarak estrojen sinyallemesi verilebilir: [[estrojen]], [[plasenta]] ve [[yumurtalık]] gibi dokular tarafından salgılanır, alıcı hücrenin [[hücre zarı]]ndan geçip [[sitoplazma]]sındaki estrojen reseptörüne bağlanır; sonra estrojen reseptörü çekirdeğe gidip kendi DNA bağlanma yerine bağlanır, bu da ilgili genlerin transkripsiyon denetimini değiştirir.

* '''Çevreye tepki vermek''' Transkripsiyon faktörleri çevresel uyaranların doğurduğu sinyal silsilelerinin ucunda da yer alabilirler. Buna örnekler, yüksek sıcaklıkta canlı kalmayı sağlayan [[ısı şoku faktörü]] (ing., ''heat shock factor''; HSF), düşük oksijenli ortamda yaşamı sağlayan [[hipoksiya indüklenebilir faktör]] (ing. ''hypoxia inducible factor''; HIF) ve hücre içindeki lipit seviyelerini düzenleyen [[sterol düzenleyici elemana bağlanıcı protein]] (ing., ''sterol regulatory element binding protein''; SREBP) olarak sayılabilir.

Biyolojik süreçlerin genelde birden çok kontrol ve düzenleme katmanı vardır. Bu, transkripsiyon faktörleri için de geçerlidir: bir gen ürününün miktarı transkripsiyon seviyesi tarafından belirlendiği gibi, transkripsiyon sürecinin kendi de denetime tâbidir. Aşağıda, bir transkripsiyon faktörünün denetlenme yollarının bazıları sıralanmıştır:

* '''Transkripsiyon faktör sentezi''' Transkripsiyon faktörlerinin sentezinde bir gen RNA'ya çevriyazılır (ing. ''transcribe''), RNA da proteine çevrilir. Bu adımların her birinin denetimi bir transkripsiyon faktörünün seviyesine etki eder. Transkripsiyon faktörleri kendi kendilerini de denetleyebilirler: Örneğin, transkripsiyon faktörünün kendi [[represör]]ü olması bir geri besleme döngüsü meydana getirir; transkripsiyon faktörü kendi geninin [[promotör]]üne bağlanarak kendi üretimini aşağı ayarlar (ing. ''downregulate''), böylece transkripsiyon faktörünün hücre içindeki seviyesi düşük kalmış olur.

* '''Kimyasal modifikasyon veya ligand bağlanması ile etkinleşme''' Ligandlar bir transkripsiyon faktörünün nerede bulunduğunu belirlemekten başka, onun etkin halde olmasını ve DNA'ya veya başka kofaktörlere bağlanabilir olmasına da etki ederler. Transkripsiyon faktörünün kimyasal değişimi de onu etkinleştirebilir. Örneğin, [[STAT]] proteinleri gibi transkripsiyon faktörlerinin DNA'ya bağlanmaları için [[fosforilasyon|fosforile]] olmaları gerekir.

* '''DNA bağlanma yerinin erişilebilirliği''' Ökaryotlarda aktif olarak çevriyazılmayan genler [[heterokromatin]]de yer alır. [[Heterokromatin]], kromozomun tıkız (kompakt) olduğu bölgeleridir; bu bölgelerde DNA'nın [[histon]]lara sıkıca sarılmasıyla oluşan [[kromatin]] iplikleri vardır. Bu sıkışıklık yüzünden heterokromatindeki DNA'ya çoğu transkripsyon faktörü tafarından erişilemez. Transkripsyon faktörünün DNA'ya bağlanabilmesi için heterokromatinin [[histon değişimi|histon değişimleri]] (modifikasyonları) yoluyla daha gevşek yapılı olan [[ökromatin]]e dönüştürülmesi gerekir. Bir transkripsiyon faktörünün DNA'ya bağlanamamasının bir nedeni de bağlanma yerinin başka bir transkripsyon faktörü tarafında işgal edilmiş olmasıdır. Bir genin denetiminde iki transkripsiyon faktörü (bir aktivatör ve bir represör) bu şekilde birbirine zıtlık yaratabilirler.