Kun Agüero 9 yaşındayken [[Independiente]] altyapısına katıldı. 14 Yaşına geldiğinde gerçek takıma yani A takımına yükseldi. Takımdaki ilk golünü ligde 2-2 berabere kaldıkları Estudiantes maçında attı. 2005 Yılında Peru'nun Cienciano ekibi ile ilk defa mücadele ettiği [[Copa Libertadores]] maçında 4-2 kazandılar ve bu maçta Agüero 1'de gol attı. Agüero [[2005]] yılında [[FIFA U-20 Dünya Kupası]] için Arjantin U-20 takımı'na seçildi. LYarı finalde [[Brezilya]] ile yapılan maçta 2 gol attı ve büyük kulüplerin ilgisini çekti. Ligde son maçında [[Boca Juniors]] ile oynanan maçta 1 gol attı ve maç sona erdiğinde gözyaşlarını tutamadı ve taraftara ve yönetime teşekkür etti. Agüero'nun [[Atletico Madrid]]'e transfer olması bekleniyordu. 2005-06 Sezonunda [[Independiente]] formasıyla 36 lig maçında 18 gol atarak harika bir performans sergiledi.
