Ertekin, ilk olarak 1992 yılında [[Bursaspor (futbol takımı)|Bursaspor]] altyapısında antrenörlük yapmış, 1995 yılında [[Bursa Merinosspor]]'da çalışmış, 1996 yılında da [[Bursaspor (futbol takımı)|Bursaspor]]'un A takımında yardımcı antrenörlüğe başlamıştır. 1998 yılında [[Rasim Kara]]'nın ayrılması üzerine, son 4 maçta teknik direktörlük yapmıştır.
2001-2004 yılları arasında [[Oyak Renault Spor Kulübü|Oyak Renaultspor]]'da teknik direktörlük yaptıktan sonra, [[2004-05 3. Lig]] sezonunda [[Turgutluspor]]'un başına geçmiş ve ilk şampiyonluğunu burada yaşamıştır.<ref name=Ertekinbasari>{{webWeb kaynağı | başlık = Ertekin'den 4. zafer | url = http://www.ntvspor.net/haber/gunun-haberleri/106796/ertekinden-4--zafer | yayıncı = [[NTV Spor]] | erişimtarihi = 6 Mayıs 2013 | arşivurl = http://web.archive.org/web/20160304111324/http://www.ntvspor.net/haber/gunun-haberleri/106796/ertekinden-4--zafer | arşivtarihi = 4 Mart 2016}}</ref> Bir süre [[Turgutluspor]]'da görev aldıktan sonra, 2005 yılında [[Orhangazispor]]'da teknik direktörlüğe başlamıştır. Ocak 2006 tarihinde, [[2. Lig]]'de mücadele eden [[Fatih Karagümrük SK|Fatih Karagümrük]]'ün başına geçmiş, sezon sonunda eskiden de görev aldığı [[Turgutluspor]]'a geri dönmüştür. 2007-2009 yılları arasında [[Bozüyükspor]]'da teknik direktörlük yapmış, Mart 2009'da [[3. Lig]] takımlarından [[Bandırmaspor]]'un başına geçmiştir. 2009-10 sezonunda [[Bandırmaspor]]'u [[2. Lig]]'e çıkartmıştır.<ref name="Ertekinbasari"/> Mart 2011'de takımın başından ayrılmıştır. 2011-12 sezonunda, bir süre [[Oyak Renault Spor Kulübü|Oyak Renaultspor]]'da teknik direktörlük yapmıştır.
Aralık 2012 tarihinde, [[Mesut Dilsöz]]'ün istifası üzerine [[2. Lig]] ekiplerinden [[Balıkesirspor]]'un başına geçmiştir. İlk sezonunda, [[Balıkesirspor]]'u 2. Lig şampiyonu yaparak [[1. Lig]]'e çıkartmıştır.<ref name="Ertekinbasari"/> [[2013-14 1. Lig|2013-14]] sezonunda [[Balıkesirspor]]'un başında 73 puanla ligi ikinci sırada tamamlayarak 39 yıl sonra takımı [[Süper Lig]]'e çıkartma başarısı göstermiştir.<ref name="Ertekinbasari"/> [[2014-15 Süper Lig|2014-15]] sezonunda alınan başarısız sonuçlar üzerine, 24 Kasım 2014 tarihinde istifa etmiştir.<ref>{{webWeb kaynağı | başlık = Balıkesirspor'da İsmail Ertekin istifa etti | url = http://www.fanatik.com.tr/2014/11/24/balikesirsporda-ismail-ertekin-istifa-etti-400356 | yayıncı = [[Fanatik (gazete)|Fanatik]] | tarih = 24 Kasım 2014 | erişimtarihi = 21 Şubat 2015 | arşivurl = http://web.archive.org/web/20160305020304/http://www.fanatik.com.tr/2014/11/24/balikesirsporda-ismail-ertekin-istifa-etti-400356 | arşivtarihi = 5 Mart 2016}}</ref>
Aralık 2014'te, 2. Lig'de bulunan [[Kocaeli Birlik SK|Kocaeli Birlikspor]]'un başına geçmiş,<ref>{{webWeb kaynağı | başlık = Kocaeli Birlikspor'da İsmail Ertekin dönemi | url = http://www.hurriyet.com.tr/yerel-haberler/Kocaeli-Haberleri/kocaeli-birlikspor-da-ismail-ertekin-donemi_256716 | yayıncı = [[Hürriyet (gazete)|Hürriyet]] | tarih = 18 Aralık 2014 | erişimtarihi = 21 Şubat 2015 | arşivengelli = evet}}</ref> sezon sonunda görevden ayrılmıştır.<ref>{{webWeb kaynağı | başlık = Ve beklenen oldu, Ertekin ile yollar ayrıldı | url = http://www.ozgurkocaeli.com.tr/spor/ve-beklenen-oldu-ertekin-ile-yollar-ayrildi-h273438.html | yayıncı = Özgür Kocaeli | tarih = 17 Haziran 2015 | erişimtarihi = 1 Temmuz 2015 | arşivurl = http://web.archive.org/web/20160205094209/http://www.ozgurkocaeli.com.tr/spor/ve-beklenen-oldu-ertekin-ile-yollar-ayrildi-h273438.html | arşivtarihi = 5 Şubat 2016}}</ref>
İsmail Ertekin 2016'nın Şubat ayında Spor Toto 2. Lig Beyaz Grup takımlarından [[Bandırmaspor]] baş antrenörlüğüne getirilmiştir. Aynı yıl [[Bandırmaspor]]'u Play-Off'a çıkaran Ertekin, çeyrek finalde [[Hacettepe SK|Hacettepespor]]'u, yarı finalde [[İstanbulspor]]'u ve finalde de [[Gümüşhanespor]]'u yenerek Spor Toto [[2. Lig]] Play-Off Şampiyonu olarak takımı [[PTT 1. Lig|Ptt 1. Lig]]'e çıkarmıştır.<ref>[https://www.ntvspor.net/haber/futbol/155461/bandirmaspor-ptt-1--ligde Bandırmaspor 1.Ligde] [[NTV Spor]]. Erişim Tarihi: 24 Mayıs 2016</ref>
