1969 yılında ''Bilecik Gençlik'' ve ''Hisar Gençlikspor'' kulüplerinin birleşmesi ile kurulmuştur.<ref name=":0" /> 1982 yılına kadar geçen süreçte mahalli ve bölgesel amatör liglerde mücadele ederken, 1982-1983 sezonunda o zamanki adıyla "[[TFF 2.Lig|2. Lig]]'e Katılma Ligi"nde mücadele etmiş fakat 2. Lig'e çıkamamıştır. Bilecikspor, 1984 yılında kurulan [[3. Lig]]'e yükselmek için oynanan terfi maçlarında başarılı olarak 3. Lig'e yükselmiş ve profesyonel futbol takımı olmuştur. 1987 yılında tekrar amatör kümeye düşmesinin ardından ertesi sene tekrar 3. Lig'e yükselmiştir. 1989 - 1990 sezonu hariç hep 3. Lig'de oynayan kulüp, 2007-2008 sezonunda 3. Lig 4. Grupta 16. olarak amatör kümeye düşmüştür. 2008-2009 sezonunu Bilecik 1. Amatör Küme'de namağlup 2. tamamlayan Bilecikspor, 2009-2010 sezonunda Bilecik 1. Amatör Küme ve Bilecik 2. Amatör Küme'ye takım çıkaramamıştır.<ref>http://www.haber11.net/Haberler.asp?haber=devam&id=1696</ref> 2010-2011 sezonunda eski futbolcusu [[İsmail Cinoğlu]]'nun teknik direktörlüğünde ve Ali Han başkanlığında sahalara dönmüş ve Bilecik 2. Amatör Küme'de sezonu 4. bitirmiştir. Bilecikspor, 2011-2012 ve 2012-2013 sezonlarında da Bilecik 2. Amatör Küme Bilecik Grubunda mücadele etmiş; fakat bir üst kümeye çıkamamıştır. 2013-2014 sezonuna, Ankaralı iş adamı [[Batuhan Çolak]]'ın kulübün borçlarını ödeyip yönetimini devralmasıyla birlikte yeni transferlerle ve yeni teknik direktör [[Engin Özmen]] yönetiminde giren Bilecikspor, Bilecik 2. Amatör Küme'de bitime 2 hafta kala şampiyonluğunu ilan etmiştir.<ref>http://www.milliyet.com.tr/bilecikspor-bitime-2-hafta-kala-sampiyonlugunu-bilecik-yerelhaber-214943/</ref> Bilecik 1. Amatör Küme'de 2014-2015 sezonunun başında [[Batuhan Çolak]]'ın istifa etmesi üzerine, kulübün eski futbolcusu ve teknik direktörü [[İsmail Cinoğlu]] yönetimi devralıp takımın küme düşmesini engellemiş ve Bilecikspor'u yeniden sahaya çıkarmıştır.<ref>http://www.milliyet.com.tr/bilecikspor-un-kume-dusmesini-is-adami-bilecik-yerelhaber-397412/</ref>
