14 Ağustos 2013 tarihinde Mısır ordusunun sivil halka karşı kanlı müdahalesinden sonra istifa ettiği bildirildi.<ref>http://www.haberturk.com/dunya/haber/868971-misirda-ilk-istifa</ref>
Baradai 19 Ağustos 2013 tarihinde Viyana'ya giderken,<ref>{{webWeb kaynağı | url = http://www.aksam.com.tr/dunya/baradey-viyanaya-gitti/haber-236723 | başlık = Baradey Viyana'ya gitti | arşivurl = http://web.archive.org/web/20160304205239/http://www.aksam.com.tr/dunya/baradey-viyanaya-gitti/haber-236723 | arşivtarihi = 4 Mart 2016}}</ref> hakkında daha sonra Mısır cunta yönetimi tarafından, "ulusal emanete ihanet" suçlamasıyla dava açıldı.<ref>{{webWeb kaynağı | url = http://www.cihan.com.tr/news/Baradey-e-ulusal-emanete-ihanet-suclamasiyla-dava-acildi-CHMTEwODgzMy80 | başlık = Baradey'e dava | arşivurl = http://web.archive.org/web/20140521031942/http://www.cihan.com.tr/news/Baradey-e-ulusal-emanete-ihanet-suclamasiyla-dava-acildi-CHMTEwODgzMy80 | arşivtarihi = 21 Mayıs 2014}}</ref>
