Madagaskar genelinde coğrafi konum gereği farklı iklimler yaşanabilmektedir. Genel itibariyle Kasım ile Nisan aylarında sıcak ve yağışlı bir iklim yaşanırken, Mayıs ile EkimeEkim ayları arasında kurak ve soğuk bir süreç yaşanmaktadır. Ülkenin doğu kıyıları Madagaskar'ın en nemli ve yağış alan bölgesi konumundadır. Yıllık ortalama 4.000 mm yağış alabilme özelliği nedeniyle adanın doğusunda sık yağmur ormanları yer almaktadır. Ülkenin doğu kıyıları belirli aralıklarla şiddetli tropikal fırtınalara ve siklonlara maruz kalabilmektedir.<ref>[http://weather.unisys.com/hurricane/ www.weather.unisys.com]</ref> Adanın orta kesiminde yer alan yüksek yaylalarda serin ve kurak bir iklim hakimdir. Ülkenin güneybatı bölümleri ada genelinde en kurak bölümü oluşturmaktadır. Yıllık ortalama 500 mm yağış alması nedeniyle bölgede çöl oluşumları gözlemlenebilmektedir. Ülke genelinde ortalama yıllık sıcaklık değerleri 25 °C düzeyindedir. Bu yıllık ortalamasına rağmen sıcaklıklar kıyı kesimlerinde daha yüksek, iç kesimlerde ise 0 °C de altına düşecek kadar düşük değerlere ulaşabilmektedir.
