[[İzmir'in işgali]] üzerine İstanbul'a giden Mustafa Necati Bey, İçişleri Bakanlığı'nda görev aldı ve [[Balıkesir]]'e atandı. Şehre vardıktan sonra görevinden istifa etti ve Balıkesir'de kaldığı 7 ay boyunca milli mücadele hareketine hizmet için çok yoğun çalıştı. Kuvayi Milliye kumandanı olarak YunanlılarYunanlar ve [[Ahmet Anzavur]] kuvvetlerine karşı yürütülen mücadelede yararlılıklar gösterdi. [[Hüseyin Vasıf Çınar|Hüseyin Vasıf]] ve [[Esat Çınar|Mehmet Esat]] kardeşlerle ile birlikte "''İzmir'e Doğru''" adlı bir gazete çıkardı. Milli hareketin yayın organı olan ve 74 sayı çıkan bu gazetede milli duyguları geliştirici yayınlar yaptı. Balıkesir'de kaldığı sürede bir gençlik ve spor kulübü olan Balıkesir İdman Yurdu'nu kurdu. Bu dönemde herhangi bir dava alıp takip etme fırsatı olmasa da bir avukatlık bürosu açtı. Şehirde faaliyet gösteren 11 avukattan birisi olarak 1920'nin Ocak ayında kurulan baronun yönetim kurulunda yer aldı. [[29 Nisan]] [[1920]] günü Saruhan milletvekili olarak TBMM'ne katılmak üzere şehirden ayrıldı.
=== TBMM 1. Dönem Milletvekili ve İstiklal Mahkemeleri ===
