Ay’ın Karanlık Yüzü filminin konusu insanoğlunun yaptığı bir hata sonrası dünyanın tarihinin en büyük savaşına tanık olması anlatılıyor. Ay’a yapılan yolculuk sonra ayda bulunan bir Decepticon’usavaş canlandırangemisinin insanoğlukaynağını kendiniaraştırmaz yada daha sonra detaylı aramaz. Bunun üzerine Decepticon'lar Ark adlı gemiye gelir ve stunları alırlar. Güç kaynağını da alırlar. Prime bunu bulur ve Ark'a gider stunları kullanabilecek Sentinel Prime'ı kurtarır. Sam Decepticonlar'ın neden Sentinel'i bıraktıklarını soruşturur. Sentinel aslında Megatron'un yandaşıdır. İnsanlar yine Decepticonlar ile bir savaşın içinde bulur. Transformers serisinin her filminde Decepticonlar biraz daha güçlü olarak karşımıza çıkıyor. Buna karşı seri ilerledikçe de Optimus Prime’ın aslında ne kadar güçlü olduğu ortaya çıkıyor. Fakat serinin 3. filminde Decepticonlar insan hayalini zorlayacak düzeye çıkartılmış diyebiliriz.
