Protein fosforilasyonu: Revizyonlar arasındaki fark
| [kontrol edilmemiş revizyon] | [kontrol edilmemiş revizyon] |
İçerik silindi İçerik eklendi
Değişiklik özeti yok |
Değişiklik özeti yok |
||
8. satır:
Proteinlerin tersinir fosforilasyonu [[prokaryot]] ve [[ökaryot]]larda görülen önemli bir düzenleyici mekanizmadır.<ref name=Cozzon1988>A.J. Cozzon (1988) Protein phosphorylation in prokaryotes ''Ann. Rev. Microbiol.'' 42:97-125</ref><ref name=Stock1989> J.B. Stock, A.J. Ninfa and A.M. Stock (1989) Protein phosphorylation and regulation of adaptive responses in bacteria. ''Microbiol. Rev.'', p. 450-490 </ref><ref> C. Chang and R.C. Stewart (1998) The Two-Component System. ''Plant Physiol.'' 117: 723-731</ref><ref>D. Barford, A.K. Das and MP. Egloff. (1998) The Structure and mechanism of protein phosphatases: Insights into Catalysis and Regulation ''Annu Rev Biophys Biomol Struct.'' Vol. 27: 133-164 </ref> Protein [[kinaz]] ve [[fosfataz]] denen enzimler bu düzenleme sürecinin fosforilasyon ve defosforilasyon kısımlarında rol oynarlar. Fosforilasyon ve defosforilasyon sonucu çoğu [[enzim]] ve [[reseptör]]ün yapısında bir biçim (konformasyon) değişimi olur, bunun sonucu bunlar ya aktifleşir veya inaktifleşir. Ökaryotik proteinlerde fosforilasyonu genelde [[serin]], [[treonin]] ve [[tirozin]] kalıntılarında olur. Prokaryotlarda bazik amino asitler olan [[histidin]], [[lizin]] ve [[arjinin]]de de fosforilasyon olur.<ref name=Cozzon1988/><ref name=Stock1989/> Apolar bir amino asit kalıntısına bir PO<sub>4</sub> grubunun eklenmesi, proteinin hidrofobik bir kısmının çok [[hidrofilik]] bir hâl almasına neden olabilir. Proteinin bu bölgesinin diğer [[hidrofobik]] ve hidrofilik bölgeleriyle etkileşimi değişir ve böylece protein yapısında biçimsel bir değişiklik meydana gelir.
Fosforilasyonun düzenleyici rolüne bir örnek, [[p53]] tümör baskılayıcı proteinidir. p53 proteinin etkinliği çeşitli mekanizmalarla düzenlenir<ref> M. Ashcroft, M.H.G. Kubbutat, and K.H. Vousden (1999). Regulation of p53 Function and Stability by Phosphorylation. ''Mol Cell Biol'' Mar;19(3):1751-8.</ref> ve 18 farklı fosforilasyon konumu vardır. p53'ün etkinleşmesi [[hücre döngüsü]]nü durdurur. Hücre hasar gördüğü veya hücrenin normal fizyolojisi bozulduğunda bu etkinleşme olur ve bunun sonucunda [[apoptozis]] meydana gelir.<ref> S. Bates, and K. H. Vousden. (1996). p53 in signalling checkpoint arrest or apoptosis.'' Curr. Opin. Genet. Dev.'' 6:1-7. </ref> Etkinsizleşme sinyalinin ardından protein defosforile olur ve çalışması durur.
Fosforilasyonun düzenleyici rolleri arasında aşağıdakiler bulunmaktadır:
* Enerji gerektiren reaksiyonların biyolojik termodinamiği.
** [[Na+/K+-ATPaz|Na<sup>+</sup>/K<sup>+</sup>-ATPaz]] enziminin fosforilasyonu, sodyum (Na<sup>+</sup>) ve
* Enzim [[enzim inhibitörü|inhibisyonuna]] aracılık eder
** İnsülin sinyalizasyon yolunun bir parçası olarak, [[GSK-3]] enziminin [[AKT]] (Protein kinaz B) tarafından fosforile olur.<ref>P.C. van Weeren, K.M. de Bruyn, A.M. de Vries-Smits, J. Van Lint, B.M. Burgering. (1998). "Essential role for protein kinase B (PKB) in insulin-induced glycogen synthase kinase 3 inactivation. Characterization of dominant-negative mutant of PKB. ''J Biol Chem'' 22;273(21):13150-6.</ref>
** [[Src]] adlı tirozin kinazının, Src C-ucu kinaz (''C-terminal Src kinase'' ; Csk) tarafından fosforile edilmesi, enzimin yapısında biçimsel bir değişikliğe neden olur, protein katlanarak kendi kinaz bölgesini kapatır ve çalışmaz hale gelir.<ref>Cole, P.A., Shen, K., Qiao, Y., and Wang, D. (2003) Protein tyrosine kinases Src and Csk: A tail's tale, ''Curr. Opin. Chem., Biol''. 7:580-585.</ref>
* "Tanınma bölgeleri" (''recognition domain'') aracılığıyla protein-protein etkileşiminde önemlidir.
** [[Fagositik hücreler]]de bulunan çok
* Protein yıkımında önemlidir.
** Bazı proteinlerin fosforilasyonunun, bunların ATP-bağımlı [[ubikuitin]]/[[proteozom]] yoluyla yıkımına yol açar. Bu proteinler ancak fosforile oldukları zaman belli ubikuitin ligazlara substrat olurlar.
=== Sinyalizasyon şebekeleri ===
[[Hücre sinyalizasyonu|Sinyalizasyon yolu]] fosforilasyon olaylarını açığa kavuşturmak zor olabilir. [[Sinyal transdüksiyonu|Hücresel sinyal iletiminde]], A proteini B proteini fosforile edebilir ve B de C'yi fosforile edebilir. Ama başka bir sinyalizasyon yolunda, protein D, protein A'yı veya protein C'yi fosforile eder. Fosforile olmuş proteinlerin araştırılması olan [[Fosfoproteomiks]], [[proteomiks]]'in bir alt sahasıdır. Fosfoproteomiks gibi global yaklaşımlar ve [[kütle spektrometrisi|kütle spektrometri]] yöntemleri kullanılarak fosforile proteinlerdeki zaman bağlı değişiklikler tespit edilip nicellenmektedir. Karmaşık fosforilasyon
=== Protein fosforilasyon konumları ===
Bir hücre içinde binlerce fosforilasyon yeri bulunmaktadır
# Belli bir hücre (örneğin bir [[lenfosit]]) içinde binlerce farklı tip protein bulunmaktadır.
# Belli bir fizyolojik haldeki hücredeki proteinlerin 1/10 ila 1/2'si fosforiledir.
# Belli bir proteinde birden çok fosforilasyon yeri vardır.
Belli bir proteinin belli bir konumunun fosforilasyonu onun işlevini veya lokalizasyonu değiştirebildiği için, hücrenin "
=== Fosforilasyon tipleri ===
| |||