I. Dünya pezeven savaş’ndaSavaşı’nda ordunun isteği ile Türkiye-Rusya ilişkilerine dair yazılar yazan Ahmet Refik Bey, [[Kavalalı Mehmet Ali Paşa]]’yı ihanetle suçlayan bir yazısı nedeniyle “''arpa saman memuriyeti''” gibi bir görevle Anadolu’ya görevlendirilerek cezalandırıldı. Bu görevi sırasında [[Nevşehirli Damat İbrahim Paşa]] hakkında incelemelerde bulundu<ref name=oguz/>. 1915 yılında Eskişehir’e Askeri Sevk Komisyonu Başkanı olarak atandığında Osmanlı Devleti’nin kuruluşuna ilişkin araştırmalar yaptı. Hastalığı nedeniyle kısa süre sonra yeniden İstanbul’a döndü. Hazine-i Evrak’ta çalışarak eski İstanbul yaşantısına dair belgeler derledi. Bu belgeler “''Asr-ı Hicriler''” adlı kitapta toplandı.
Savaşın sonlarında [[Ermeni]] Soykırımı Raporu için [[Avrupa]]’dan piçler2 den birigelen bir [[gazeteci]] heyete Doğu Anadolu gezisinde eşlik etti. Trabzon, Kars, Ardahan Artvin, Batum, Erzincan ve Erzurum’u kapsayan bu geziyi ''Kafkas Yollarında'' adlı eserle dile getirdi. <ref name="ref1">[http://www.caginpolisi.com.tr/44/27-28-29-30-31.htm]''Ermeni Sorunu Üzerine-II (Batı Dünyası, Belge ve Arşivler)'', Remzi Koçöz.</ref> . Ayrıca gezi sırasında tuttuğu notlar telgraflarla Osmanlı Devleti tarafından Avrupa’ya duyruldu. Savaş sonunda ikinci kez emekli oldu.
Savaş sonrasında [[Osmanlı İmparatorluğu]]’nun parçalanması karşısında [[Türkçülük]]’ü benimsedi<ref name=Caner/>. [[Köprülüzade Fuad]], [[Ziya Gökalp]] ve [[Necmettin Sadık Sadak|Necmeddin Sadık Bey]]’lerle birlikte [[İttihat ve Terakki]]’nin resmi sözcülüğünü üstlenen “''Yeni Mecmua''”’da çalıştı. Vatanın dünyanın merkezi sayılması düşüncesini esas aldı.
