Transkripsiyon faktörü: Revizyonlar arasındaki fark

[[Moleküler biyoloji]]de bir '''transkripsiyon faktörü''' [[gen]]lerin [[Transkripsiyon (genetik)|transkripsiyonunu]] düzenlemek için [[DNA]] üzerinde belli bir diziye bağlanabilen bir [[protein]]dir. Bunlar diziye-özgün DNA bağlanma proteini olarak da adlandırılır.<ref name="pmid9570129">{{cite journalDergi kaynağı| author = Latchman DS | title = Transcription factors: an overview | journal = Int. J. Biochem. Cell Biol. | volume = 29 | issue = 12 | pages = 1305-12 | year = 1997 | pmid = 9570129 | doi = 10.1016/S1357-2725(97)00085-X | issn = }}</ref><ref name="pmid2128034">{{cite journalDergi kaynağı| author = Karin M | title = Too many transcription factors: positive and negative interactions | journal = New Biol. | volume = 2 | issue = 2 | pages = 126-31 | year = 1990 | pmid = 2128034 | doi = | issn = }}</ref> Transkripsiyon faktörleri tek başına veya bir komplekste yer alan başka proteinlerle beraber, [[RNA polimeraz]] tarafından bir genin transkripsiyonunu ya (bir [[aktivatör]] olarak) kolaylaştırırlar veya (bir [[represör]] olarak) engeller.<ref name="pmid8870495">{{cite journalDergi kaynağı| author = Roeder RG | title = The role of general initiation factors in transcription by RNA polymerase II | journal = Trends Biochem. Sci. | volume = 21 | issue = 9 | pages = 327-35 | year = 1996 | pmid = 8870495 | doi = 10.1016/0968-0004(96)10050-5 | issn = }}</ref><ref name="pmid8990153">{{cite journalDergi kaynağı| author = Nikolov DB, Burley SK | title = RNA polymerase II transcription initiation: a structural view | journal = Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. | volume = 94 | issue = 1 | pages = 15-22 | year = 1997 | pmid = 8990153 | doi = 10.1073/pnas.94.1.15 | issn = }}</ref><ref name="pmid11092823">{{cite journalDergi kaynağı| author = Lee TI, Young RA | title = Transcription of eukaryotic protein-coding genes | journal = Annu. Rev. Genet. | volume = 34 | issue = | pages = 77–137 | year = 2000 | pmid = 11092823 | doi = 10.1146/annurev.genet.34.1.77}}</ref>

* '''Trans-aktivasyon bölgesi''' ('''TAB''') transkripsiyon eşdüzenleyici (''co-regulator'') başka proteinler için bağlanma yerlerine sahiptir.<ref name="pmid12893880">{{cite journalDergi kaynağı| author = Wärnmark A, Treuter E, Wright AP, Gustafsson J-Å | title = Activation functions 1 and 2 of nuclear receptors: molecular strategies for transcriptional activation | journal = Mol. Endocrinol. | volume = 17 | issue = 10 | pages = 1901-9 | year = 2003 | pmid = 12893880 | doi = 10.1210/me.2002-0384 | issn = }}</ref>

Transkripsiyon faktörleri çoğu zaman DNA bağlanma bölgelerindeki benzerliğe göre sınıflandırılırlar:<ref name="pmid15706513">{{cite journalDergi kaynağı| author = Stegmaier P, Kel AE, Wingender E | title = Systematic DNA-binding domain Classification of transcription factors | journal = Genome informatics. International Conference on Genome Informatics | volume = 15 | issue = 2 | pages = 276-86 | year = 2004 | pmid = 15706513 | doi = | issn = | url = http://www.jsbi.org/journal/GIW04/GIW04F028.html }}</ref><ref name="pmid16381825">{{cite journalDergi kaynağı| author = Matys V, Kel-Margoulis OV, Fricke E, Liebich I, Land S, Barre-Dirrie A, Reuter I, Chekmenev D, Krull M, Hornischer K, Voss N, Stegmaier P, Lewicki-Potapov B, Saxel H, Kel AE, Wingender E | title = TRANSFAC^® and its module TRANSCompel:^® transcriptional gene regulation in eukaryotes | journal = Nucleic Acids Res. | volume = 34 | issue = Database issue | pages = D108-10 | year = 2006 | pmid = 16381825 | doi = 10.1093/nar/gkj143 | issn = }}</ref><ref>{{Web kaynağı| url = http://www.gene-regulation.com/pub/databases/transfac/cl.html | başlık = TRANSFAC^® database | erişimtarihi = 2008-01-10 }}</ref>

Transkripsiyon denetiminde önemli rol oynayan başka proteinler de vardır ama bunlar DNA'ya bağlanmadıkları için transkripsiyon faktörü olarak sayılmazlar.<ref name="pmid11823631">{{cite journalDergi kaynağı| author = Brivanlou AH, Darnell JE | title = Signal transduction and the control of gene expression | journal = Science | volume = 295 | issue = 5556 | pages = 813-8 | year = 2002 | pmid = 11823631 | doi = 10.1126/science.1066355 | issn = }}</ref> Örneğin, [[koaktivatör]]ler, [[kromatin biçimlendirici]]ler, [[histon asetilaz]]lar ve [[deasetilaz]]lar, [[kinaz]]lar ve [[metilaz]]lar.

Genel transkripsiyon faktörleri, transkripsiyon başlangıç öncesi kompleks oluşumuyla ilişkilidir. En yaygın olanlarının adları [[TFIIA]], [[TFIIB]], [[TFIID]], [[TFIIE]], [[TFIIF]], and [[TFIIH]] olarak kısaltılır. Her yerde bulunurlar ve tüm Sınıf II genlerin transkripsiyon başlama noktasını çevreleyen çekirdek promotör bölgesi ile etkileşirler.<ref name="pmidc">{{cite journalDergi kaynağı| author = Orphanides G, Lagrange T, Reinberg D | title = The general transcription factors of RNA polymerase II | journal = Genes Dev. | volume = 10 | issue = 21 | pages = 2657-83 | year = 1996 | pmid = 8946909 | doi = 10.1101/gad.10.21.2657 | issn = }}</ref>

Transkripsiyon faktörleri gen ifadesinin düzenlenmesi için zaruridir ve dolayısıyla her canlıda bulunur. Canlılarda bulunan transkripsiyon faktörü sayısı genom büyüklüğü ile orantılıdır, daha büyük genomlarda gen başına transkripsiyon faktörü sayısı daha çoktur. <ref name="pmid12957540">{{cite journalDergi kaynağı| author = van Nimwegen E | title = Scaling laws in the functional content of genomes | journal = Trends Genet. | volume = 19 | issue = 9 | pages = 479-84 | year = 2003 | pmid = 12957540 | doi = 10.1016/S0168-9525(03)00203-8 | issn = }}</ref>

İnsan genomunda DNA'ya bağlanabilen yaklaşık 2600 protein vardır, bunların çoğunun transkripsiyon faktörü olduğu tahmin edilmektedir.<ref name="pmid15193307">{{cite journalDergi kaynağı| author = Babu MM, Luscombe NM, Aravind L, Gerstein M, Teichmann SA | title = Structure and evolution of transcriptional regulatory networks | journal = Curr. Opin. Struct. Biol. | volume = 14 | issue = 3 | pages = 283-91 | year = 2004 | pmid = 15193307 | doi = 10.1016/j.sbi.2004.05.004 | issn = }}</ref> Dolayısıyla genomdaki genlerin yaklaşık %10'u transkripsiyon faktörlerini şifrelemektedir, yani bu protein grubu insan proteinleri arasında en kalabalık olanıdır. Genlerin genelde iki tarafında birkaç farklı transkripsiyon faktörünün bağlanma yerleri bulunmaktadır ve bu genlerin verimli olarak ifadesi için birkaç transkripsiyon faktörünün beraberce etkisi gerekmektedir. Yani 2000 insan transkripsiyon faktörünün belli bir alt kümesinin kombinezonları insan genomundaki her genin gelişim sırasındaki kendine has denetimini açıklamaya yeterlidir.<ref name="pmid11823631" />

* [http://transcriptionfactor.org/ DBD database of predicted transcription factors]<ref name="pmid16381970">{{cite journalDergi kaynağı| author = Kummerfeld SK, Teichmann SA. | title = DBD: a transcription factor prediction database | journal = Nucleic Acids Res. | volume = 34 | issue = Database issue | pages = D74-81 | year = 2006 | pmid = 16381825 | doi = 10.1093/nar/gkj131 }}</ref> Uses a curated set of DNA-binding domains to predict transcription factors in all completely sequenced genomes. {{İng}}

* [http://www.gene-regulation.com/pub/databases/transfac/cl.html A Classification of transcription factors based on their DNA-binding domains]<ref>{{cite journalDergi kaynağı| author = Matys V, Kel-Margoulis OV, Fricke E, Liebich I, Land S, Barre-Dirrie A, Reuter I, Chekmenev D, Krull M, Hornischer K, Voss N, Stegmaier P, Lewicki-Potapov B, Saxel H, Kel AE, Wingender E | title = TRANSFAC^® and its module TRANSCompel:^® transcriptional gene regulation in eukaryotes | journal = Nucleic Acids Res. | volume = 34 | issue = Database issue | pages = D108-10 | year = 2006 | pmid = 16381825 | doi = 10.1093/nar/gkj143 | issn = }}</ref> {{İng}}