Naci Gündoğan, (d. 4 Kasım 1968, Eskişehir), Türk akademisyen. Anadolu Üniversitesi eski Rektörü ve Yükseköğretim Kurulu Üyesidir.

Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi’nden 1990 yılında mezun oldu. Akademik hayatına Anadolu Üniversitesi İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi’ne araştırma görevlisi olarak başladı. Yüksek lisansını 1993, doktorasını da 1996 yılında Anadolu Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü'nde tamamladı. 2003 yılında doçent, 2008 yılında da aynı fakültenin Çalışma Ekonomisi anabilim Dalında profesör oldu. ABD Cornell Üniversitesi ILR School'da misafir öğretim üyesi olarak bulundu.

2010-2014 yıllarında rektör yardımcılığı yaptığı Anadolu Üniversitesi'nde 2014-2018 yıllarında rektörlük görevinde bulundu. Rektörlük görevi 5 Eylül 2018 tarihinde sona eren Naci Gündoğan, 18 Mayıs 2018 tarihinde Anadolu Üniversitesi’nden ayrılarak kurulan Eskişehir Teknik Üniversitesi’nin rektörlük görevini de bu tarihe kadar tedviren yürüttü.

Üniversitelerarası Kurul Sosyal Bilimler Eğitimi Konseyi Başkanlığı (2014-2018), Türkiye Fulbright Eğitim Komisyonu Üyeliği (2015-2016), Eskişehir 2013 Türk Dünyası Kültür Başkenti Ajansı Yönetim Kurulu Üyeliği (2014-2016), Türk Dünyası Vakfı Mütevelli Heyet Üyeliği (2015- halen), Kırgızistan-Türkiye Manas Üniversitesi Denetleme Kurulu Üyeliği (2022-halen), Türkiye Sağlık Enstitüleri Başkanlığı (TÜSEB) Yönetim Kurulu Üyeliği (2022-Halen) görevlerini yürüten Naci Gündoğan 2017 yılında Türkiye Bilimler Akademisi (TÜBA) Asli Üyeliğine seçildi.

1 Ekim 2018 tarihinde YÖK Başkan Danışmanı olarak görevlendirilen Gündoğan, 23 Kasım 2018 tarihinde YÖK Üyeliğine seçilmiştir. Halen Yükseköğretim Kurulu (YÖK) Yürütme Kurulu Üyeliği'ni sürdürmektedir.

Evli ve iki çocuk babasıdır.