Kullanıcı:Universal Life/Çalışma Odası/Structure, Functionality and Evolution of the BARE-1 Retrotransposon of Barley

Structure, Functionality and Evolution of the BARE-1 Retrotransposon of Barley, by Vicient et al.

Abstract

• BARE-1, Hordeum türlerinin genomlarının ana ve de aktif bir elementiymiş.
• Copia-benzeri yapısı
• It consists of 1.8-kb LTRs bounding an internal domain of 5275bp which encodes a predicted polyprotein of 1301 residues.
• Bu protein; retroviral proteinlerle ilgili; rezidüleri, yapısal motifleri ve de korunmuş bölgeleri içermektedir.
• Ekspresif açıdan aktiftir.
• Bu çalışma, BARE-1'in kopya sayısını ve de lokalizasyonunu araştırır. Böylece, evrimini ve de fonksiyonunu anlamaya çalışılmaktadır.
• Sentromer, telomer ve de NOR dışındaki tüm bölgelere yayılmış ancak kodlayan bölge yerine genellikle tekrar bölgelerini seçmişlerdir.
• Hordeumlar, bol miktarda BARE-1 solo LTRler içermektedirler.
• New techniques have been developed which exploit the insertion site polymorphism generated by BARE-1 integration to produce molecular markers for breeding, biodiversity, and mapping applications.

Introduction

• Retrotranspozonların ne olduklarını, çeşitlerini (LTR, non-LTR) anlatıyor.
• 2 çeşidin de bitkilerde bulunduğundan, retrovirüslere yakınlıklarından bahsediyor. (Enfeksiyöz özelliklileri de bulunmuş!!)
• LTR'leri copia ve romani/gypsy'ye bölüyor. Oh, they're both ubiquitous in eukaryotes.
• Ana farkları, protein kodlarının sırası vs...

Structural features of BARE-1

• Yaşam döngüleri, kılıf oluşturma dışında retrovirüslerinkiyle aynı.
• We isolated, cloned, and sequenced the first complete retrotransposon, and the first transposon of any description, to be found in barley, which we named BARE-1 (Barley Retroelement 1) (Manninen & Schulman, 1993).
• İlk buldukları BARE-1a
• Southern ve PCR yapmışlar. Sonuç: ortalama hepsi 8,9 kb uzunlukta.
• Promotör ve terminatör gibi yapıları bol içerdiklerinden, LTR'ler, bol bulunarak, döngüye avantaj sağlıyorlar.
• Genomik BARE-1; 1,8 - 1,9 kb uzunluğunda
• LTR neden bu kadar uzun yahu? Neden olmuş olabilir? Sonuçları ne olur? vs... tartışılıyor.
• LTR dizisinin büyük bir çoğunluğu, promotör aktivitesi açısından önemli değilmiş. yaa!
• Bunlar sonlarında, "imperfect inverted repeats" içeriyormuş.
• Sonra, reverse transkripsiyon detaylarına boğuluyorrr.
• En son, yapısının ayrıntısına boğuluyor.

BARE-1 expression

• Retrotranspozonların bol ama ifadeleri kıt.
• Azı (reverse-) transkripsiyonelman aktif, BARE-1 bunlardan işte.
• Northernlar ve de RNA Koruma Analizleri de bunu gösteriyor.
• Böyle fonksiyonel retrotr.ların, RNA Polimeraz II'yi inisiye edecek promotörleri LTR'lerinde bulunduruyorlar.
• Bu inisiyasyonu TATA'lar sağlıyormuş.
• In growing, nonembryogenic calli, most of the transcripts came from TATA1, whereas embryogenic lines generated transcripts from both TATAs and leaf protoplasts from TATA2 exclusively.
• TATA'lardan ve de sonra translasyonla ilgili olarak, GAG'lardan bahsediyor.

BARE-1 is very prevalent in the barley genome

ya bu review herhalde :)

Conclusions

Plant retrotransposons as research subjects lagged behind the type II or DNA transposons. However, in recent years it has become clear that not only do they vastly outnumber DNA transposons in both absolute and relative terms in most plants but they are also an appreciable part of the total complement of DNA in the genome. In the cereals and elsewhere, retrotransposons have furthermore been shown to have an active role in genome evolution. The BARE-1 retrotransposon comprises upwards of 3% of the barley genome as full-length elements and another 3% as solo LTRs. The BARE-1 family is ubiquitous throughout the genus Hordeum, widespread in the tribe Triticeae, and is recognizably related to elements (RIRE1, Stonor) in phylogenetically distant species of the family Gramineae. It is transcriptionally, translationally, and insertionally active, and contains wellconserved retroviral-like protein-coding domains. We are currently analyzing the BARE-1 life cycle and its control in an effort to understand how the replicative potential of this active retrotransposon is regulated. We are furthermore exploiting BARE-1 as a breeding and biodiversity marker for Hordeum and related genera.

Bu makalede bir çok teknik var ama real-time'dan bahsetmiyor.

BARE-1 içinse süper.

Referans

Structure, Functionality and Evolution of the BARE-1 Retrotransposon of Barley, Vicient et al, 2000, Genetica